Il set di istruzioni del Transputer era formato da instruzioniistruzioni di 8 bit divise in due [[nibble]]. Quello superiore conteneva la codifica dell'istruzione, rendendolo un vero RISC con solo 16 istruzioni di base, quello inferiore conteneva una costante o più comunemente un'[[offset]] relativo allo stack pointer. Costanti e offset più lunghi potevano essere usati, ma richiedevano byte di indirizzo addizionali in fase di [[fetch]] e decodifica. Inoltre le istruzioneistruzioni meno frequentemente utilizzate erano supportate tramite la codifica di itruzioniistruzioni chiamata ''Operate'' (Opr), la quale decodificava la costante di dati come un codice di operazione esteso, fornendo un'espansione del set di istruzione facile e quasi infinita, introdotta con una nuova implementazione del Transputer. I processi con ''context'' più piccoli giravano più velocemente, ma l'idea intera del Transputer era comunque di far girare molti piccoli processi.
