Stem-loop: differenze tra le versioni

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La stabilità dell'ansa è anche importante per la formazione della struttura stem-loop. Anse lunghe meno di tre basi non possono generarsi a causa dell'ingombro sterico che si genera. Anse molto grandi prive di una propria struttura secondaria che le stabilizzi (ad esempio pseudonodi) sono anche instabili. La lunghezza ottimale si aggira intorno a 4-8 basi.

Esiste una diffusa sequenza dell'ansa, UNCG, nota in letteratura come ''tetraloop'', dotata di particolare stabilità a causa di interazioni di impilamento delle basi nucleotidiche

== Contesto strutturale ==

Spesso gli stem-loops si manifestano in precursori dei [[microRNA]], mentre sono estremamente note nei [[RNA transfer|transfer RNA]], dove sono presenti tre stem-loops reali ed uno stelo  che incontra una struttura a quadrifoglio. L'anticodone che riconosce il proprio [[codone]] durante il processo di traduzione è localizzato su una delle anse non appaiate all'interno del tRNA.

Negli pseudonodi sono presenti due stem-loops, dove l'ansa di uno forma il secondo stelo.

Molti [[ribozimi]] sono dotati di strutture stem-loop. Il ''ribozima a testa di martello'' contiene tre stem-loops che si incontrano in una regione centrale non appaiata che funge da sito di clivaggio; questa struttura secondaria è indispensabile per il funzionamento di questo enzima. 

Nei [[procarioti]] ritroviamo anse a forcina all'interno della regione [[Untranslated region|5'UTR]]. Queste strutture sono spesso legate da proteine o sono fonte di una attenuazione dell'efficienza di traduzione, per cui hanno una attività regolatoria.<ref>{{Cita pubblicazione|cognome=Meyer|nome=Michelle|autore2=Deiorio-Haggar K |autore3=Anthony J |titolo=RNA structures regulating ribosomal protein biosynthesis in bacilli|rivista=RNA BIology|data=July 2013|volume=10|serie=7|pp=1160–1164|doi=10.4161/rna.24151|pmid=23611891|pmc=3849166}}</ref>

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Lo stem-loop presente a livello della [[sequenza di Shine-Dalgarno]] funge da controllo dell'inizio della traduzione.<ref name=" doi: 10.1111/j.1365-2958.2009.06840.x">{{Cita pubblicazione|autore= Malys N, Nivinskas R |titolo= Non-canonical RNA arrangement in T4-even phages: accommodated ribosome binding site at the gene 26-25 intercistronic junction |rivista= Mol Microbiol |volume= 73 |numero= 6 |pp= 1115–1127 |anno= 2009 | pmid = 19708923 | doi =10.1111/j.1365-2958.2009.06840.x }}</ref><ref name=" doi: 10.1007/s00018-010-0588-z">{{Cita pubblicazione|autore= Malys N, McCarthy JEG |titolo= Translation initiation: variations in the mechanism can be anticipated |rivista= Cellular and Molecular Life Sciences |anno= 2010 | doi =10.1007/s00018-010-0588-z | pmid=21076851 |volume= 68 |numero= 6 |pp= 991–1003}}</ref>

E'È anche importante citare l'utilità di questa struttura all'interno della terminazione rho-indipendente della trascrizione all'interno dei procarioti. La struttura stem-loop va a formarsi sulla sequenza di mRNA in fase di trascrizione e causa la dissociazione della [[RNA polimerasi]] dal filamento stampo. Questo processo prende il nome di terminazione rho-indipendente o terminazione intrinseca e la sequenza coinvolta prende il nome di [[Terminatore (biologia)|terminatore]]<nowiki/>.

== Note ==