La sua stagione [[Campionato di calcio tedesco 2003-2004|2003-04]] comincia solo il 30 gennaio contro lo [[Fußball-Club Gelsenkirchen-Schalke 04|Schalke 04]], prima partita dopo l'infortunio al ginocchio patito contro il [[Verein für Leibesübungen Bochum 1848|Bochum]] a luglio. Nella parte finale del campionato prende il posto di [[Tomáš Rosický]] come regista e segna 4 gol in 16 partite, prima di firmare un contratto triennale con il [[Fußball-Club Bayern München|Bayern Monaco]]. Con la maglia dei bavaresi vince la finale di [[DFL-Ligapokal|Coppa di Lega]] proprio contro la sua ex squadra, il Werder. Nonostante a [[Monaco di Baviera]] vinca [[Campionato di calcio tedesco 2004-2005|campionato]] e [[DFB-Pokal 2004-2005|Coppa di Germania]], condite da 29 presenze in Bundesliga e 10 in [[UEFA Champions League|Champions League]], non ama giocare nella squadra di [[Felix Magath]], che lo impiega fuori ruolo.
Nel giugno del [[2005]] ritorna quindi al [[Sport-Verein Werder von 1899|Werder Brema]], firmando un contratto triennale. In questa stagione il [[{{Calcio Werder Brema]]|N}} termina secondo in [[Bundesliga]] alle spalle dei rivali dei rivali del Bayern Monaco, dopo una lunga lotta per il primato conclusasi nelle ultime giornate di campionato. In [[UEFA Champions League]] l'avventura del Werder termina agli ottavi. La stagione successiva con il Werder vince la finale di [[DFL-Ligapokal|Coppa di Lega]] ai danni del Bayern Monaco. Inoltre, in questa stagione con il Werder si laurea campione d'inverno, salvo poi concludere il campionato "solamente" al terzo posto. L'avventura in [[UEFA Champions League]] termina alla fase a gironi con un terzo posto, permettendo al Werder Brema di essere ripescato in [[Coppa UEFA]], dove la squadra termina la sua avventura in semifinale. La stagione successiva conclude il campionato con un secondo posto. Per il secondo anno consecutivo l'avventura in [[UEFA Champions League]] termina con un terzo posto, concludendo poi l'avventura in [[Coppa UEFA]] agli ottavi. La stagione 2008-2009 termina con un clamoroso decimo posto, peggior risultato del Werder durante la gestione di [[Thomas Schaaf]]. L'avventura in [[UEFA Champions League]] si conclude, nuovamente, con un terzo posto nella fase a gironi. Tuttavia il Werder Brema arriva in finale della [[Coppa UEFA 2008-2009]], eliminando sul suo cammino [[Associazione Calcio Milan|Milan]], [[Association Sportive de Saint-Étienne Loire|Saint-Étienne]], [[Udinese Calcio|Udinese]] e i connazionali dell'[[Hamburger Sport-Verein|Amburgo]]: la squadra biancoverde verrà sconfitta solo in finale dagli ucraini dello [[Futbol'nyj Klub Šachtar|Shakhtar Donetsk]]. Il Werder si rifarà vincendo la [[Coppa di Germania]] contro il {{Calcio Bayer Leverkusen|N}}. L'anno dopo invece il Werder arriva terzo in campionato e perde la finale di [[Coppa di Germania]]. Nell'andata dei play-off per la [[UEFA Champions League 2010-2011|Champions League 2010-2011]], Frings segna su rigore il secondo gol alla Sampdoria, rete che si rivelerà importante per il passaggio alla fase a gironi.
Il 18 maggio [[2011]] annuncia il suo ritiro dal calcio giocato,<ref>{{Cita web |lingua= |url=https://www.tuttomercatoweb.com/?action=read&id=268855 |titolo=UFFICIALE: Werder Brema, Frings annuncia il ritiro |data=18 maggio 2011 |editore=tuttomercatoweb.com }}</ref> ma due mesi dopo cambia idea firmando per il [[Toronto FC]]. Il 26 febbraio 2013 in conferenza stampa annuncia di aver terminato definitivamente la propria carriera da giocatore.
