La maggioranza della popolazione è di religione [[Cristianesimo|cristiana]] appartenenti principalmente alla [[Chiesa cattolica]]; il comune ha quattro edifici di culto amministrati da una sola parrocchia dei [[Santi Gervaso e Protaso]], e appartiene oggi all'[[Arcidiocesiarcidiocesi di Milano]], ma la sua storia è del tutto particolare: Saltrio è appartenuta fin dal [[Medioevo]] alla [[Diocesidiocesi di Como]], tanto che nel borgo è in uso il [[rito romano]], rappresentata in loco dal [[Pieve di Riva|prevosto di Riva San Vitale]] attraverso la vicina [[Arzo]]. L'anomalia si generò nel [[1516]] allorquando, in seguito al [[Trattato di Friburgo]], tutto il resto del territorio plebaneo passò alla [[Svizzera]]: quando nel [[1884]] il [[governo svizzero]] decise la nazionalizzazione delle istituzioni religiose, e fu creataeretta la [[Diocesidiocesi di Lugano]], Saltrio si trovò isolata dalla propria diocesi e, caso unico in [[Lombardia]], priva di un [[prevosto]] di riferimento. Alla situazione si cercò di mettere una pezzarimediare, dichiarando il paese ''vicariato foraneo'' di sé stesso,. ma fuFu solo nel [[1982]] che [[Carlo Maria Martini]] mise ordine al problema, cambiando diocesi alla parrocchia, uniformandola a quelle italiane ad essa circostanti.
L'altra confessione cristiana presente è quella [[evangelicalismo|evangelica]] dal 1950 circa, con una comunità:
