Open reading frame: differenze tra le versioni

Versione delle 16:21, 10 lug 2018

Versione delle 13:24, 17 dic 2018

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'''Open Reading Frame''' (sigla '''ORF'''), in italiano '''quadro''' (o '''cornice''') '''di lettura aperto''' o '''DNA/RNA codificante''' (o '''Coding DNA Sequence,''' sigla '''CDS'''), è la fase di lettura che consente di codificare un’intera [[proteina]], senza incontrare codoni di stop prematuri e quindi formare una proteina tronca. A volte un ORF è semplificato come sequenza di codifica del DNA (CDS). Una CDS è un frammento di [[DNA]] che codifica una proteina. Però una ORF significa un frammento di DNA che può codificare una potenziale proteina.

Le ORF vengono normalmente individuate spostandosi lungo i frammenti di DNA durante la ricerca della localizzazione di un gene.

Considerando che vi sono [[organismo|organismi]] che presentano delle variazioni nella sequenza del codone d'inizio, la ricerca di una ORF può essere differente, sfruttando ad esempio degli [[algoritmo|algoritmi]] costruiti su tutti i genomi esistenti (inclusi quelli alterati) e su tutte le possibili modalità di lettura. Ci sono le definizioni diverse per una ORF: La può essere limitata di

un codone d'inizio e un codone di stop, però anche di due codoni di stop (ciascuno all'inizio e alla fine della ORF). <ref>Claverie, J.-M. (1997) Computational methods for the identification of genes in vertebrate genomic sequences. ''Hum. Mol. Genet.'' '''6''', 1735–1744.</ref><ref>P. Sieber, M. Platzer, S. Schuster (2018) The definition of open reading frame revisited. ''Trends Genet.'' '''34''', 167-170.</ref>

È risaputo che l'esistenza di una ORF, soprattutto se lunga, è una buona indicazione della presenza di un gene nella sequenza posta nelle immediate vicinanze. In tal caso, la ORF stessa fa parte della sequenza che verrà tradotta dai [[ribosoma|ribosomi]], comprendendo in tutta la sua lunghezza anche le parti che verranno eliminate prima della [[sintesi proteica]], vale a dire gli [[introne|introni]].

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La sequenza CDS termina in determinate sequenze, dette di Stop, che corrispondono generalmente alla tripletta TGA.

== Note ==

<references/>

== Altri progetti ==