Il 5L'8 settembre [[2008]] parte la quarta edizione del programma, che si rivelerà la più burrascosa. Dopo l'autunno, trascorso senza particolari avvenimenti di rilievo riportati dal programma, il 9 febbraio [[2009]] si apprende della morte di [[Eluana Englaro]], donna che ha vissuto in stato vegetativo per 17 anni in seguito ad un incidente stradale, il cui caso scatenò particolare clamore in [[Italia]]. [[Mediaset]] non ha concesso né a [[Enrico Mentana|Mentana]] né al [[TG5]] di trattare l'argomento in prima serata con uno speciale, né permettendo brevi finestre informative durante la normale programmazione di prima serata, né anticipando la chiusura del programma in prima serata stesso, una puntata del [[Grande Fratello 9]]. Per questo motivo, [[Enrico Mentana|Mentana]] direttore editoriale di [[Mediaset]], ha presentato le dimissioni da tale carica. Queste dimissioni sono state estese poi dall'emittente televisiva, anche alla conduzione e alla direzione del programma, che quindi è stato immediatamente sospeso dalla messa in onda. Il programma tornerà in onda solo il 24 febbraio, con la conduzione di [[Alessio Vinci]], proveniente dalla direzione della redazione romana della [[CNN]]. La prima novità dopo il cambio di conduzione è ''Matrix Live'', che consiste in domande rivolte al Ministro [[Renato Brunetta]] via e-mail. Altra particolare puntata dello spettacolo è avvenuta il 7 aprile, quando il programma va in onda "sul campo", con il conduttore [[Alessio Vinci]] in diretta da [[L'Aquila]], città devastata dal [[Terremoto dell'Aquila del 2009|terremoto]] il giorno prima. Il programma con l'addio di [[Enrico Mentana|Mentana]] passerà sotto il controllo della testata giornalistica [[Videonews]], la stagione si concluse sempre con la versione estiva in onda il mercoledì, il 2 settembre [[2009]].
