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一方で田沢湖線の全線および奥羽本線区間の多くが単線のため、停車駅でない駅や[[信号場]]での対向列車待ち([[停車 (鉄道)#運転停車|運転停車]])も多く、普通列車を待ち合わせするために停車することもある。また秋田・岩手県境の[[仙岩峠]]区間ではカーブと勾配および車体傾斜装置の搭載したE6系の車幅が在来線規格ぎりぎりで在来線区間で車体傾斜して高速通過することができないため、所要時間が短縮できていない。
 
また田沢湖線[[雫石駅]] - 田沢湖駅周辺は豪雪地帯であり、大量の降雪による影響で在来線区間の列車の遅延が発生しやすい。さらにこの区間を中心に鹿などの野生動物との衝突による運行支障もたびたび発生している。この影響による接続(連結)待ちのため盛岡駅で上り「こまち」と連結する上り「[[はやぶさ (新幹線)|はやぶさ]]」(2014年3月14日以前は「[[はやて (列車)|はやて]]」)の遅れを招き、過密[[ダイヤグラム|ダイヤ]]となっている東京駅 - 大宮駅間で線路を共有する[[上越新幹線]]や[[北陸新幹線]]に影響がおよぶこともある。また天候によっては、同区間などの運行を中止する場合がある。下り列車で盛岡駅 - 秋田駅間が区間運休となった場合、盛岡駅で切り離された「こまち」車両は、[[盛岡新幹線車両センター]]まで臨時[[回送]]される。
 
なお、[[平成18年豪雪]]の際、列車が運行中で立ち往生し、乗客が車内に缶詰め状態になったことがある。また、運行を見合わせた際に[[バス代行|代替バス]]等が手配されなかった場合<ref group="注">仙岩峠区間の[[大地沢信号場]]および[[志度内信号場]]は山間に存在するため、特に積雪期は代替交通機関での乗り入れが困難である。</ref>、乗客の混乱に拍車が掛かることもある。