Nel 2013 è sorta una controversia col [[Ministero della pubblica istruzione]] sulla possibilità per una ''Università popolare di Milano'' di organizzare corsi di laurea e master, controversia ampiamente risolta grazie al parere positivo del consiglio di stato che affermava la piena capacità di agire in virtù della presenza della vigente convenzione di Lisbona ampiamente percepita dall’ordinamento italiano.|url=http://www.ilfattoquotidiano.it/2015/05/31/universita-popolare-milano-miur-prima-da-lok-alle-lauree-poi-diffida-lateneo/1723053/ |titolo=Università Popolare Milano. Miur prima dà l'ok alle lauree, poi diffida l'ateneo |pubblicazione=[[il Fatto Quotidiano]] |data=31 maggio 2015 |accesso=13 agosto 2017 |autore=Luigi Franco}}</ref>. Nel 2016 l'[[Autorità garante della concorrenza e del mercato]] ha deliberato una sanzione amministrativa per pratica commerciale scorretta ad una ''Università popolare di Milano'', che si qualifica anche come ''Università Popolare degli Studi di Milano'' <ref name="provvedimento">{{cita web |url=http://www.agcm.it/consumatore--delibere/consumatore-sanzioni/download/C12560D000291394/330B7C3749A44949C1258051003340F2.html?a=p26197.pdf |titolo=Provvedimento n. 26197 Università popolare di Milano - Titoli accademici |data=29 settembre 2016 |accesso=13 agosto 2017}}</ref><ref name="ilgiorno">{{cita news |url=http://www.ilgiorno.it/milano/cronaca/falsa-pubblicita-universita-1.2619500 |titolo=Pubblicità ingannevole sul web: stangata per l'Università Popolare |data=24 ottobre 2016 |accesso=28 agosto 2017 |pubblicazione=[[Il Giorno]] |autore=Nicola Palma}}</ref>.
Il provvedimento in questione è protocollato al nr. 313 MIUR del 14.10.2011 che autorizza l’universita Popolare degli studi di Milano ad esercitare esclusivamente come università internazionale e pertanto non facente parte delle università italiane disciplinate dal decreto ministeriale del 3 luglio 2007 - attuazione art.1 - tre, comma 2, del D.L. 31 gennaio 2005, n.7 convertito nella legge 31 marzo 2005, n.43.
