È stata fidanzata con gli attori [[Chris Klein (attore)|Chris Klein]] e Joey Kern dal dicembre [[2010]] al maggio [[2011]]. Nel [[2012]] inizia a frequentare [[Joshua Dallas|Josh Dallas]], suo partner nella serie ''[[C'era una volta (serie televisiva)|C'era una volta.]] ''Nell'ottobre del [[2013]] si fidanzano e il 12 aprile [[2014]], la coppia si sposa. Hanno due figli, Oliver Finlay, nato il 29 maggio [[2014]]<ref>{{cita web|http://www.thegossipers.com/gossip/ecco-il-nome-del-figlio-di-ginnifer-e-josh.asp|Ecco il nome del figlio di Ginnifer e Josh|accesso=5 giugno 2014}}</ref>, e Hugo Wilson, nato il 1º giugno [[2016]].<ref>{{Cita web|url=http://www.mondofox.it/2016/06/09/ginnifer-goodwin-josh-dallas-secondo-figlio/|titolo=I due protagonisti di C'era una volta danno il benvenuto al 2° figlio|sito=MondoFox|accesso=2016-06-09}}</ref>
