La cronologia e i fatti della storia sono narrati da due punti di vista, quello di Avril Mead, pilota abbattuto e recluso all'inizio della guerra e quello del Dr. Shroeder, scienziato Belkano incaricato di sviluppare la tecnologia dei droni per conto dell' EASA.
Il protagonista, noto come "'''Trigger'''" e inizialmente appartenente allo squadrone Mage. .... . Trigger viene spedito a Selatapura insieme ad altre squadriglie della IUN per soccorrere l'Ex Presidente della Federazione Oseana, Vincent Harling, rimasto bloccato all'interno dell'ISEV in seguito a una visita ufficiale fatta poco prima lodello scoppio della guerra. Tuttavia l'operazione di soccorso risulta molto difficoltosa e la squadra di forze speciali inviata a soccorrere Harling viene eliminata nonostante quest'ultimo riesca a fuggire insieme ad un Ufficiale che lo accompagnava durante la visita a bordo di un [[Bell Boeing V-22 Osprey|V-22 Osprey]]. Durante la battaglia interviene anche l'Arsenal Bird ''Liberty'' che inizia a lanciare orde di droni contro le forze dell'IUN, scatenando il panico generale e indebolendo ulteriormente i soccorritori al punto che Trigger, nel caos generale, sembra aver compiuto [[fuoco amico]] sull'aereo di Harling abbattendolo e facendo fallire la missione. Trigger viene giudicato colpevole dell'assassinio di Harling da una corte marziale e spedito in un [[battaglione di disciplina]] della 444sima divisone Oseana denominato Spare nella base-fantoccio di Zapland, la stessa dove è reclusa Mead.I membri dello squadrone Spare vanno ad affrontare missioni sempre più rischiose e molti membri dell'unità cadono in battaglia. La distruzione dei satelliti getta nel caos generale entrambe le fazioni in quanto viene tagliato ogni tipo di comunicazione, ed alcune unità di Erusea arrivano addirittura a provocare una [[guerra civile]] fra l'ala conservatrice anti-droni e quella radicale pro-guerra; nel disordine generale alcune nazioni di Erusea tra cui Shilage iniziano a proclamare la propria indipendenza. Intanto Rosa e Avril, sfuggite da Tyler Island, fronteggiano Shroeder. Trigger si trova dunque a fronteggiare i droni a Selatapura insieme a diverse squadriglie Oseane ed Erusiane, unite per fronteggiare la minaccia dei droni. La missione sembra essere andata a buon termine dato anche il riuscito abbattimento dell' ultimo Arsenal Bird, ''Justice'', quando improvvisamente due droni avanzati entreranno nel campo di battaglia iniziando a decimare le forze della coalizione, colpendo l'aereo di Count e costringendolo ad atterrare insieme a Trigger su una portaerei arenata poco al di fuori della baia di Gunther. Nell'ultima missione del gioco gli ultimi aerei della coalizione sopravvissuti andranno ad affrontare gli ADF-11F RAVEN Hugin e Munin, culminando incon un inseguimento in un tunnel sotterraneo dove Trigger e Count inseguirannoelimineranno l'ultimo drone rimasto all' interno dell'ISEV.
== Gameplay ==
Gli eventi del gioco sono ambientati nel mondo alternativo chiamato Strangereal e le nazioni presenti nel conflitto sono controparti più o meno evidenti di nazioni esistenti nel mondo reale come ad esempio la Federazione di Osea, controparte degli [[Stati Uniti d'America|Stati Uniti]] oppure il Regno di Erusea che risulta essere un'agglomerato fra diverse nazioni europee, in particolare la [[Francia]] e l'[[Italia]].