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=== Formazione e ministero sacerdotale ===
Frequentò il distretto scolastico unificato di [[Corona Unified(California)|Corona]] e poi la St. Edward School. Nel [[1966]] si diplomò alla Notre Dame High School di [[Riverside (California)|Riverside]]. Si iscrisse quindi alla [[Loyola Marymount University]] di [[Los Angeles]]. Nel [[1968]] entrò nel noviziato della [[Compagnia di Gesù]]. Lo lasciò per intraprendere la carriera legale. In seguito disse: "Sono entrato in conflitto per cominciare, non potevo decidere se volevo diventare un prete o un avvocato". Nel [[1970]] conseguì il [[Bachelor's degree|baccellierato]]. Proseguì gli studi alla [[Stanford Law School|scuola di legge]] dell'[[Università di Stanford]] a [[Palo Alto]] e nel [[1976]] conseguì il ''[[Juris Doctor]]''. Esercitò la professione legale per dieci anni nel sud della [[California]], concentrandosi sul contenzioso commerciale.<ref name=register>{{cite news|date=2009-01-05|work=[[The Orange County Register]]|title=Pastor with Law Degree Is New O.C. Auxiliary Bishop|url=http://www.ocregister.com/articles/bishop-orange-flores-2273623-diocese-font|last=Fields|first=Eugene W|deadurl=yes|archiveurl=https://web.archive.org/web/20090119131235/http://www.ocregister.com/articles/bishop-orange-flores-2273623-diocese-font|archivedate=2009-01-19|df=}}</ref> Lavorò anche in aziende di [[Beverly Hills]] e [[Newport Beach]].
Sentendo nuovamente una chiamata di ritorno al sacerdozio, nel [[1986]] entrò nel seminario "San Giovanni" di [[Camarillo]] dove conseguì un [[Master of Divinity]], prerequisito per l'ordinazione presbiterale.<ref name=diocese/>
L'8 giugno [[1991]] fu ordinato [[presbitero]] per la [[diocesi di Orange in California]] da monsignor [[Norman Francis McFarland]]. In seguito fu [[vicario parrocchiale]] della parrocchia di Santa Barbara a [[Santa Ana (Stati Uniti d'America)|Santa Ana]] dal [[1991]] al [[1995]], della parrocchia di San Gioacchino a [[Costa Mesa]] dal [[1995]] al [[1996]],<ref name=diocese>{{cite news|work=[[Diocesi di Orange in California]]|title=Auxiliary Bishop Flores|url=http://www.rcbo.org/site/index.php?option=com_content&task=view&id=218&Itemid=155|deadurl=yes|archiveurl=https://web.archive.org/web/20110719062756/http://www.rcbo.org/site/index.php?option=com_content&task=view&id=218&Itemid=155|archivedate=2011-07-19|df=}}</ref> della parrocchia di Nostra Signora del Monte Carmelo a [[Newport Beach]] dal [[1996]] al [[1997]] e della parrocchia di Nostra Signora di Guadalupe Parish a [[La Habra]] dal [[1997]] al [[2000]]. Fu quindi [[parroco]] della parrocchia di Sant'Anna a [[Santa Ana (Stati Uniti d'America)|Santa Ana]] dal [[2000]] al [[2008]] e della parrocchia di San Norberto a [[Orange (California)|Orange]] dal [[2008]] al [[2009]].<ref name=diocese/> Fu membro del consiglio economico della diocesi, della commissione per le comunicazioni sociali, della Caritas diocesana, del [[consiglio presbiterale]] e del comitato di redazione del giornale diocesano ''Orange County Catholic''.<ref name=usccb>{{cite news|date=2009-01-05|work=Conferenza dei vescovi cattolici degli Stati Uniti|title=Pope Names Bishop Vigneron Archbishop of Detroit, Names New Auxiliary in Orange, Accepts Resignations of Cardinal Maida, Bishop McRaith|url=http://www.usccb.org/comm/archives/2009/09-001.shtml}}</ref>
=== Ministero episcopale ===
Il 5 gennaio [[2009]] [[papa Benedetto XVI]] lo nominò [[vescovo ausiliare]] di [[Diocesi di Orange in California|Orange in California]] e [[Vescovo titolare|titolare]] di [[Diocesi di Quiza|Quiza]].<ref>[http://press.vatican.va/content/salastampa/it/bollettino/pubblico/2009/01/05/0006/00014.html#NOMINA%20DI%20AUSILIARE%20DI%20ORANGE%20IN%20CALIFORNIA%20(U.S.A.) NOMINA DI AUSILIARE DI ORANGE IN CALIFORNIA (U.S.A.)]</ref> Ricevette l'[[ordinazione episcopale]] il 19 marzo successivo nella chiesa di San Columba a [[Garden Grove (California)|Garden Grove]] dal vescovo di [[Diocesi di Orange in California|Orange in California]] [[Tod David Brown]], coconsacranti il vescovo emerito della stessa diocesi [[Norman Francis McFarland]] e l'ausiliare [[Dominic Mai Thanh Lương]]. Come motto episcopale scelse l'espressione "For the Greater Glory of God".<ref name=coat>{{cite news|date=2009-03-24|work=Shouts in the Piazza|title=Bishop Flores (Follow Up)|url=http://shoutsinthepiazza.blogspot.com/2009/03/bishop-flores-follow-up_24.html}}</ref> Come ausiliare fu [[vicario episcopale]] per la Caritas diocesana.
Il 4 gennaio [[2012]] [[papa Benedetto XVI]] lo nominò [[vescovo coadiutore]] di [[Diocesi di San Diego|San Diego]].<ref>[http://press.vatican.va/content/salastampa/it/bollettino/pubblico/2012/01/04/0006/00017.html#NOMINA%20DEL%20VESCOVO%20COADIUTORE%20DI%20SAN%20DIEGO%20(U.S.A.) NOMINA DEL VESCOVO COADIUTORE DI SAN DIEGO (U.S.A.)]</ref> Nell'aprile dello stesso anno compì la [[Visita ad limina|visita ''ad limina'']]. Il 18 settembre dell'anno[[2013]] successivo succedette alla medesima sede.<ref>[http://press.vatican.va/content/salastampa/it/bollettino/pubblico/2013/09/18/0583/01292.html#RINUNCIA%20E%20SUCCESSIONE%20DEL%20VESCOVO%20DI%20SAN%20DIEGO%20(U.S.A.) RINUNCIA E SUCCESSIONE DEL VESCOVO DI SAN DIEGO (U.S.A.)]</ref><ref>{{cite news|title=Bishop Flores, auxiliary in Orange, named coadjutor bishop of San Diego|url=http://www.catholicnews.com/data/briefs/cns/20120104.htm#head10|accessdate=5 gennaio 2012|newspaper=Catholic News Service|date=4 gennaio 2012}}</ref>
Nell'aprile del [[2012]] compì la [[Visita ad limina|visita ''ad limina'']].
In seno alla Conferenza dei vescovi cattolici degli Stati Uniti fu membro del sottocomitato per gli affari ispanici. Fu presidente del comitato per la libertà religiosa della Conferenza dei vescovi cattolici della California e vescovo di collegamento per gli undici consigli presbiterali dello Stato.
Il 16 aprile [[2014]], quattro giorni prima di [[Pasqua]], monsignor Flores fu colpito da un [[ictus]] nel suo ufficio presso il Centro pastorale. Venne subito portato in ospedale dove venne definito definito "vigile e di buon umore". Ci si aspettava che ricevesse "cure per alcuni giorni prima delle sue dimissioni", come annunciato alla diocesi in una dichiarazione firmata da monsignor Steven Callahan, il [[vicario generale]]. La dichiarazione chiedeva preghiere per la "pronta e completa guarigione" del vescovo. Il 4 settembre successivo venne riferito che il vescovo soffriva di una forma aggressiva di [[carcinoma della prostata]] con [[metastasi]] ossee e che non era considerato un buon candidato per il [[Chemioterapia dei tumori|trattamento chemioterapico]] vista la fase avanzata della malattia. Dopo aver lasciato il lo USC Norris Comprehensive Cancer Center di [[Los Angeles]], fu ricoverato alla Nazareth House di [[San Diego]] per ricevere le [[cure palliative]].<ref>{{cite news|title=San Diego Bishop had Advanced Cancer|url=http://www.utsandiego.com/news/2014/sep/03/san-diego-bishop-flores-diagnosed-advanced-cancer/|accessdate=4 settembre 2014|newspaper=UT San Diego|date=3 settembre 2014}}</ref>
Morì serenamente alle 14:.47 del 6 settembre [[2014]] all'età di 66 anni. Al suo capezzale c'erano suo cugino, il dottor Tom Martinez, monsignor Steven Callahan e le suore di Nazareth.<ref>{{cite news|title=San Diego Bishop Cirilo Flores dies, battled prostate cancer |url=http://www.utsandiego.com/news/2014/sep/06/diocese-bishop-flores-death-catholic/|accessdate=6 settembre 2014|newspaper=UT San Diego|date=6 settembre 2014}}</ref> Le esequie si tennero il 17 settembre alle ore 12 nella chiesa di Santa Teresa del Carmelo a [[San Diego]] e furono presiedute da monsignor [[José Horacio Gómez]], arcivescovo metropolita di [[Arcidiocesi di Los Angeles|Los Angeles]]. Al termine del rito fu sepolto nell'Holy Cross Cemetery di [[San Diego]].<ref>{{en}} {{cita web|url=https://www.findagrave.com/memorial/135536625/cirilo-b_-flores|titolo=Rev Cirilo B. Flores|accesso=3 aprile 2019}}</ref>
== [[Genealogia episcopale]] ==
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