Negli ultimi anni dovette affrontare due ricoveri, per seri problemi intestinali ([[2004]]) e polmonite ([[2006]]), assistito in convalescenza dalla sua assistente Debbie Joffe, che poi divenne sua moglie.
Dopo una disputa sulle politiche di direzione del [[Albert Ellis Institute|AEI]], sostenne cause civili contro altri membri della direzione, per riottenere le cariche da cui era stato rimosso ([[2005]])<ref>http://www.nycourts.gov/reporter/3dseries/2006/2006_26023.htm </ref> e i diritti sulla proprietà immobiliare sede dell'istituto (2007). A seguito di tali eventi ripudiò l'istituto ed il suo attuale operato <ref>[http://albert-ellis-friends.net/ Albert Ellis friends]</ref>.
Continuò comunque a lavorare e riuscì a completare un manuale sulla [[teoria della personalità]] poco prima della [[morte]]. Il testo verrà pubblicato postumo agli inizi del [[2008]] dall'editore Sage press.
E' scomparso il [[24 luglio]][[2007]] per cause naturali, all'età di 93 anni.<ref>[[http://www.nytimes.com/2007/07/25/nyregion/25ellis.html?pagewanted=2&ei=5088&en=fafd65d9cfba7311&ex=1343016000&partner=rssnyt&emc=rss|''New York Times'', "AlbertEllis, 93, Influential Psychotherapist, Dies", July 25, 2007]]</ref>
