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* [[特別急行列車|特急]]「[[しおかぜ (列車)|しおかぜ]]」:岡山駅 - [[伊予西条駅]]・[[松山駅 (愛媛県)|松山駅]]間(2016年3月25日までは[[宇和島駅]]発着の列車も運転されていた)
* 特急「[[南風 (列車)|南風]]」:岡山駅 - [[高知駅]]間(2019年3月15日までは[[宿毛駅]]発着の列車も運転されていた。ならびに、2020年3月13日までは[[中村駅]]発着の列車も運転されていた)
* 特急「[[うずしお (列車)|うずしお]]」:岡山駅 - [[徳島駅]]間([[宇多津駅]]まで「南風」と併結して走る。ただし、ダイヤ乱れ時などには単独で運転することもある)
* [[寝台列車|寝台]]特急「[[サンライズ瀬戸]]」:[[東京駅]] - [[高松駅 (香川県)|高松駅]]間
* [[快速列車|快速]]「[[マリンライナー]]」:岡山駅 - 高松駅間
 
これらの本四連絡列車以外にも岡山駅 - 茶屋町駅間に快速列車が、岡山駅 - [[備前西市駅]]・[[児島駅]]間に普通列車がそれぞれ運転されている。日中の岡山駅 - 備前西市駅・茶屋町駅間の区間列車は2020年3月14日のダイヤ改正で新設され、多くのマリンライナーが通過する[[大元駅]]・備前西市駅・[[妹尾駅]]で列車本数が増加している。以前は児島駅より先の四国方面へ直通する普通列車が設定されていたが、2019年3月16日のダイヤ改正以降全て児島駅折り返しとなり現存しない。特急「[[うずしお (列車)|うずしお]]」は[[宇多津駅]]まで「南風」と併結して走っていたが<ref group="注">ダイヤ乱れ時などには単独で運転することもあった。</ref>、2025年3月15日のダイヤ改正で岡山駅 - 高松駅間の運行が廃止された<ref>{{Cite web |url=https://www.jr-shikoku.co.jp/03_news/press/assets/2025/03/07/2024%2012%2013%2003.pdf |title=2025年3月ダイヤ改正について |access-date=2025年3月17日 |date=2024-12-13 |publisher=四国旅客鉄道}}</ref>
 
瀬戸大橋線は風速が規制値を超えると瀬戸大橋を渡る区間である児島駅 - 坂出駅・宇多津駅間で運転を見合わせるため、[[振替輸送]]で[[宇高国道フェリー]]または[[四国フェリー]]と接続して本四連絡の使命を担うことがあり、その場合には通常運転がない岡山駅 - 宇野駅間で臨時快速「マリンライナー」が運転されていた<ref group="注">その場合、茶屋町駅 - 宇野駅間は無停車扱いとなっていた。</ref>。