I flautisti hanno a disposizione un vastissimo repertorio di epoca rinascimentale, eseguibile con una famiglia di flauti dolci oppure insieme ad altri strumenti (''broken consort''): musiche di danza, fantasie e ricercari, esecuzione strumentale di [[madrigale|madrigali]] e ''chansons''.
=== Barocco ===
In [[musica barocca|epoca barocca]] il flauto dolce era usato nell'ambito di formazioni diverse. Nei secoli [[XVII secolo|XVII]] e [[XVIII secolo|XVIII]] numerose raccolte erano pubblicate senza l'indicazione dello strumento di destinazione (dato che potevano essere eseguite indifferentemente con diversi strumenti) o con indicazioni alternative<ref>Una fra le raccolte di sonate con basso continuo oggi più eseguite con il flauto dolce, [[Il pastor fido (sonate)|Il pastor fido]], riporta l'indicazione "per la musette, la ghironda, il flauto, l'oboe o il violino", e consiste in un assemblaggio di trascrizioni di brani di [[Antonio Vivaldi]] (l'ultimo movimento della VI sonata, ad esempio, è una trascrizione del primo movimento del concerto per violino op.4 n.6).</ref>; anche quando è presente l'indicazione "flauto" non è sempre evidente se si intenda il flauto dolce o il flauto traverso. Vi sono però numerose composizioni in cui è esplicitamente indicato il flauto dolce; nella maggioranza dei casi è richiesto il flauto dolce contralto in fa, più raramente il soprano in do.
Alle soglie tra il Rinascimento e il barocco, sia [[Claudio Monteverdi]] (ne [[L'Orfeo]] e nel [[Vespro della Beata Vergine (Monteverdi)|Vespro della Beata Vergine]]) che [[Heinrich Schütz]] inserirono il flauto (generalmente, una coppia di flauti) nell'organico di grandi opere sacre o profane, in occasionale alternanza agli strumenti acuti di più frequente utilizzo (violini, cornetti), per ottenere effetti timbrici particolari. Lo stesso fece, alcuni decenni più tardi, anche [[Henry Purcell]].
[[File:Jakob Jordaens 003.jpg|thumb|upright=1.6|[[Jacob Jordaens]], ''Tre Musicisti''. Prima metà del [[XVII secolo]]. Olio su legno, 49 × 64 cm. [[Madrid]], [[Museo del Prado]].]]
{{Multimedia|allineamento = destra|larghezza = 300|file = Daphne.ogg|titolo = Jacob van Eyck|descrizione = ''Doen Daphne d'over schoone Maeght'' (''Quando Dafne la bellissima fanciulla''), tema e variazione III}}
Al primo barocco appartiene la prima e fino ad oggi più voluminosa opera per flauto dolce solo, il ''Fluyten Lust-hof'' (Edizione stampata in tre volumi dal 1648 fino al 1654) del flautista [[Jacob van Eyck]] di [[Utrecht]], una collezione di quasi 150 arie di danze, canzoni e corali molto popolari in quei tempi, ciascuna corredata da diverse variazioni progressivamente sempre più elaborate e virtuosistiche<ref>L'origine dell'opera è curiosa: Jacob van Eyck era uno ''joncker'' (cioè apparteneva all'aristocrazia minore) ma era non vedente, ed era stipendiato dalla città di Utrecht come ''carillonneur'', ossia suonatore del concerto di campane della cattedrale. Tuttavia, tenuto conto delle necessità dovute alla sua infermità, la municipalità gli accordò un'indennità aggiuntiva a fronte dell'impegno a dilettare di tanto in tanto le passeggiate serali dei cittadini nei giardini della cattedrale eseguendo variazioni di melodie famose con il suo flauto.</ref>. Altre raccolte dello stesso genere, per lo più anonime, furono pubblicate in Olanda (''Der Gooden Fluyt Hemel'', 1644) e in Inghilterra (''The division flute'', 1708).
Fra le sonate da camera per strumento a fiato e basso continuo del XVIII secolo, gran parte possono essere eseguite con il flauto dolce (eventualmente con la trasposizione di una terza minore verso l'alto, che si usava già all'epoca), diversamente da quelle che sono destinate al violino e quindi comprendono un'estensione troppo grande e occasionali accordi (anche delle sonate violinistiche più popolari, fra cui quelle di Corelli e di Vivaldi, comparvero tuttavia "arrangiamenti" per flauto dolce già nella prima metà del Settecento, in Inghilterra).
Come già detto, nella musica italiana si trova generalmente l'indicazione "flauto" senza che sia specificato se si tratti di flauto dolce o flauto traverso. [[Antonio Vivaldi|Vivaldi]] scrisse numerosi concerti per flauto contralto e archi (o per flauto e altri strumenti concertanti), e almeno tre concerti, particolarmente virtuosistici, per "flautino“ (che dovrebbe essere il flauto dolce sopranino in fa), archi e basso continuo. Un'intera raccolta di dodici sonate originali per flauto dolce contralto e basso continuo di [[Benedetto Marcello]] fu pubblicata a Venezia nel 1712, e successivamente ripubblicata a Londra nel 1732. Altre raccolte di sonate per flauto furono scritte da [[Paolo Benedetto Bellinzani]] e da [[Giovanni Battista Sammartini]], mentre [[Alessandro Scarlatti]] incluse il flauto dolce in numerose cantate o concerti grossi.
In area francese, come sappiamo dai trattati dell'epoca (in particolare quelli di [[Jacques Hotteterre]]), si preferiva il timbro del flauto traverso; tuttavia quest'ultimo poteva essere sostituito dal flauto dolce o dall'oboe (le sonate per strumento solo e basso continuo prevedevano anche come possibili alternative l'uso della [[ghironda]] (''vielle'') e della ''[[Musette de cour]]'', piccola cornamusa a mantice). Nelle ''suites'' francesi, il primo movimento di danza ''(allemande)'' doveva essere preceduto da un ''[[preludio]]'', e se questo non faceva parte della ''suite'' era improvvisato dallo strumentista (senza basso continuo). Furono quindi pubblicate diverse raccolte di preludi per flauto, destinati a quest'uso.
Sappiamo dalla testimonianza diretta di [[Johann Joachim Quantz]] che il flauto traverso, quantunque fosse chiamato correntemente ''flûte allemande'' (flauto tedesco) in Francia e in Inghilterra, acquistò in Germania definitiva preminenza sul flauto dolce solo verso la metà del XVIII secolo. [[Johann Mattheson]] pubblicò dodici sonate per flauti nel 1708, e ancora dopo il 1730 [[Johann Christian Schickhardt]] pubblicò un gran numero di sonate e altre composizioni destinate al flauto dolce; ma il più vasto ''corpus'' di composizioni espressamente dedicate al flauto dolce da un singolo autore è senza dubbio quello dovuto a [[Georg Philipp Telemann]]: numerose sonate per flauto solo e basso continuo, sonate per due flauti, concerti e ''ouverture'' per uno o due flauti dolci e archi, e oltre 90 cantate che prevedono uno o più flauti dolci in organico (fra cui 13 cantate sacre per voce, flauto dolce e basso continuo). Telemann e Quantz, inoltre, scrissero brani in cui è prevista (caso rarissimo) la compresenza di flauti dolci e flauti traversi: la triosonata in Do maggiore per flauto dolce, flauto traverso e basso continuo di Quantz, il concerto in mi minore per flauto dolce, flauto traverso e archi TWv 52:e2 di Telemann, e l'''Ouverture'' in si bemolle maggiore TWV 55:B6, sempre di Telemann, che prevede due flauti traversi e un flauto dolce come strumenti concertanti. [[Johann Sebastian Bach]] ha usato i flauti dolci contralto come strumenti solisti nei [[Concerti brandeburghesi]] no. 2 e 4, oltre che in 19 cantate e nella [[BWV 244|Passione secondo Matteo]].
In Inghilterra il flauto dolce era estremamente popolare come strumento amatoriale; oltre a numerose trascrizioni per flauto di sonate originariamente destinate ad altri strumenti, furono pubblicate raccolte di sonate e concerti espressamente dedicate al flauto da parte di compositori tedeschi o italiani che lavoravano a Londra, in primo luogo [[Georg Friedrich Händel]] che rielaborò come sonate per flauto e basso continuo sue precedenti composizioni di successo (inclusi concerti per organo e archi), e inoltre [[Johann Christoph Pepusch]], [[Gottfried Finger]], [[Nicola Matteis]], [[Giuseppe Sammartini]] (a cui è dovuto un concerto per flauto dolce soprano e archi), [[Francesco Maria Veracini]], [[Francesco Barsanti]] e molti altri compositori non attivi in Inghilterra ma colà molto apprezzati, fra cui [[Francesco Mancini (compositore)|Francesco Mancini]].
=== XX e XXI secolo ===
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