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なお、軍艦旗は日本海軍の解体から[[海上自衛隊]]の設立までの間、ヨットクラブの日本外洋帆走協会（NORC）が海上での視認性などから国籍旗として使用した。
[[第二次世界大戦]]後の[[連合国軍占領下の日本|占領下の日本]]において、[[日本商船管理局]]に登録された船舶は[[国際信号旗]]の"E"の旗を基にした旗を国内で、[[国際信号旗]]の"O"旗を基にした旗を国外で船尾に掲揚することが義務付けられた<ref>「[https://museum.nyk.com/kouseki/200903/index.html 占領下の海運政策]」日本郵船歴史博物館 2024年12月29日閲覧。</ref><ref>「[http://koekisi.web.fc2.com/ronbun1/page004.html 外航復帰と航路の伸長]」2024年12月29日閲覧。</ref>。また、[[朝鮮戦争]]における[[日本特別掃海隊]]の[[掃海艇]]使用についての指令では「朝鮮海域で掃海任務に就く船舶は、[[国際信号旗|国際信号]]E旗（[[燕尾旗]]）のみを掲げること」とされ、掃海艇もまたSCAJAPの旗を掲げた<ref>「[https://www.mod.go.jp/msdf/mf/004.pdf 朝鮮海域に出撃した日本特別掃海隊]」5頁、防衛省、2024年12月6日</ref><ref>「[https://www.mod.go.jp/msdf/mf/006.pdf 朝鮮動乱特別掃海史]」18頁 防衛省 2024年12月5日</ref>。
同様に、[[アメリカ合衆国による沖縄統治|アメリカ占領下の沖縄]]では[[国際信号旗]]の"D"の旗を基にした商船旗（[[琉球船舶旗]]）が用いられた。しかし、国籍不明で銃撃を受けるなどの問題が多発したため、[[1967年]][[7月1日]]の'''琉球船舶規則'''で商船規則の日章旗に三角旗を取り付けた旗に変更された。
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