Nonostante gli hackathon siano occasioni per i singoli e per le comunità tecnologiche di farsi conoscere e di guadagnare utenze, per le aziende di risolvere problemi in vari ambiti e conoscere direttamente persone altamente specializzate, possono anche essere inconcludenti o controproduttivicontroproducenti quando dati socialmente sensibili vengono rilasciati ad un pubblico tecnicamente non esperto che li interpreta in maniera errata<ref name="hbr">{{cita web|url=https://hbr.org/2013/03/you-cant-just-hack-your-way-to|titolo=You Can’t Just Hack Your Way to Social Change|accesso=14 settembre 2017|lingua=EN}}</ref>. Viene rilevato che gli hackathon, per essere produttivi, devono essere organizzati dietro ad una richiesta specifica (avendo una chiara definizione del problema e partendo da una domanda e non dal dato in sé)<ref name="hbr" /> o devono trattare in maniere adeguata i dati sensibili. Un'altra critica viene dalla considerazione che i premi messi in palio creano degli incentivi sbagliati per la sostenibilità delle tecnologie (la condivisione, il riutilizzo dei dati, ecc...), alterano la motivazione iniziale dei partecipanti, non favoriscono l'apprendimento<ref>{{cita web|url=http://techpresident.com/news/wegov/23146/app-contest-or-not-app-contest|titolo=You Can’t Just Hack Your Way to Social Change|accesso=14 settembre 2017|autore=David Eaves|data=15 novembre 2012|lingua=EN}}</ref>, oppure il risultato finale rimane inutilizzato se non sostenuto da un appropriato business model<ref>{{cita web|url=http://radar.oreilly.com/2011/08/app-contests-sustainability-usability.html|titolo=Everyone jumped on the app contest bandwagon. Now what?|autore=Alex Howard|data=9 agosto 2011|accesso=14 settembre 2017|lingua=en}}</ref>.
