Il gioco presenta fin dal primo livello le sue novità e cioè, come disse Groupie Guy (il programmatore di ''Metal Slug'') in un'intervista, i "Warp Gates":, delleovvero vie alternative perda esplorare varienei parti del livellolivelli, e che cambiano completamente la scenografia con lo scopo di rendere più vario o, comunque, non eccessivamente lineare, il gioco. Per ogni livello esistono, almeno, tre-quattro warp gates, alcuni dei quali ben nascosti, per non dire mimetizzati, dimodoché, anche rigiocando più volte, ilsi giocatore possapossano provare esperienze nuove di giocoesperienze. Questa novità ha rappresentato una delle caratteristiche che attribuiscono maggiore longevità al videogioco e maggiore interesse anche per coloro i qualiche non sono molto attratti dagli sparatutto.
Oltre alle trasformazioni in mummia e in obeso, si può ora (ma solo nella missione 2) subire una nuova trasformazione: quella in zombie. Quando il personaggio verrà colpito dal fluido giallastro secreto dagli zombie oppure da certi zombie che si buttano addosso ad esso, perderà temporaneamente i sensi, per poi alzarsi subito dopo trasformato in uno zombie. Lo zombie ha i movimenti molto ridotti (sia nel camminare che nel salto) e indifferentementeal dallacontrario della mummia non usufruirà piùusufruisce dell'arma speciale, ma in compenso diventerà praticamente invulnerabile a qualsiasi colpo inferto dai soldati nemici e dai loro veicoli (siano essi proiettili, coltellacci, missili o bombe). Se però il personaggio zombie verrà colpito nuovamente da uno zombie o dal suo fluido, dall'alito ghiacciato degli yeti nella grotta fredda (sempre presente nella missione 2) o dagli attacchi magici del secondo boss, perderà una vita. Un altro punto di forza sono le bombe: al posto di esse, lo zombie vomiterà la lunga fontana di sangue con un'angolazione di 90° dal basso verso l'alto e così devastante da riuscire a uccidere tutti i nemici presenti nel suo raggio d'azione e stenderedistruggere unpiù bossfacilmente conil meno colpiboss. L'unico inconveniente di questa tecnica è che il personaggio rimarrà immobile durante l'esecuzione e sarà quindi esposto agli attacchi degli altri zombie. Il trattamento dello zombie è una cassetta del pronto soccorso che di solito rilasciano gli zombie scienziati dopo essere stati uccisi.
Sono presenti anche nuovi slug (scavatrice; sottomarino; astronave; ecc.) alcuni dei quali si troveranno in zone nascoste del gioco.
