Dopo un pestaggio, confessò di essere l'autore dell'attentato. Quando ebbe confessato, Elser fu tradotto al quartier generale della Gestapo, che lo torturò brutalmente. Infatti, il capo delle [[Schutzstaffel|SS]], [[Heinrich Himmler]], non poteva capacitarsi che un insignificante [[svevia|svevo]], un artigiano con la licenza elementare, fosse quasi riuscito ad uccidere il Führer senza l'aiuto di alcun complice. Il fascicolo di questa inchiesta della Gestapo è stato recuperato alla fine degli anni 1960. I 203 fogli di cui è composto sono la principale fonte di informazioni su Elser.
Fu quindi imprigionato prima nel nel [[campo di concentramento di Sachsenhausen]] poi in quello di [[Campo di concentramento di Dachau|Dachau]]. Sebbene egli fosse irremovibile nel dichiarare sempre di aver agito per conto proprio, i nazisti, e specie [[Joseph Goebbels|Goebbels]], continuavano a sospettare una cospirazione sotto regia [[Regno Unito|britannica]], e avrebbero desiderato, al termine della guerra (che immaginavano vittoriosa per la loro fazione), celebrare un grande processo che avrebbe rivelato al mondo tale supposta trama. Elser era sottoposto ad un regime di detenzione speciale. Il mistero mantenuto sull'identità del "prigioniero in custodia speciale" alimentò talora qualche maldicenza fra i suoi stessi compagni di sventura. Anche dopo la guerra, [[Martin Niemöller]], pure ristretto a Sachsenhausen, pretendeva che Elser facesse parte delle SS, e che tutta la faccenda del fallito attentato fosse una commedia dei nazisti per propalare la leggenda della [[Provvidenza]] che vegliava sul Führer. Tuttavia, la ricerca storica<ref>''Georg Elser, der Attentäter aus dem Volke: der Anschlag auf Hitler im Münchner Bürgerbräu, 1939,'' di Anton Hoch, Lothar Gruchmann, Fischer Taschenbuch Verlag, 1980, ISBN 3-596-23485-9, 9783596234851</ref> sembra indicare che Elser fece tutto da sé, ed in ogni caso non è emersa alcuna prova del coinvolgimento del regime o di qualunque altra organizzazione esterna.<ref name="Reit">Occorre peraltro segnalare che uno storico quale Reitlinger (Reitlinger, Gerald - ''Storia delle SS'', [[Longanesi]], 1967, pagina 153 e seguenti), certo non particolarmente tenero con i vari protagonisti del nazismo, sostiene piuttosto apertamente che tutto l'attentato della Bürgerbräukeller sia stato poco più che una messinscena ordita da Hitler e camerati come pretesto per legittimare l'[[Campagna di Francia#L.27invasione del Benelux e del nord della Francia|invasione dei Paesi Bassi]] (rei di cospirare contro il dittatore di Berlino), evento storico che in ogni caso seguì dappresso le vicende qui esposte.</ref>
== Morte ==
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