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ただし、3事業者間以上にわたる直通運転で、特に変則乗り入れを伴う場合は、例えば事業者甲に対する事業者乙への使用料を、事業者丙の車両を事業者甲の車両扱いとして乗り入れるか、あるいは事業者丙の運用を増やして事業者丙が代わりに支払う方法もある(この場合は事業者丙の路線へ事業者乙の車両をその分多く乗り入れさせて事業者乙と事業者丙との間でも相殺することがある)<ref>三者相互直通運転当時の[[京浜急行電鉄]]では、[[都営地下鉄浅草線]]を介して[[京成電鉄]]の路線へと直通する列車には、京成線に乗り入れる列車が定期列車(当時は主に京成高砂駅 - 都営地下鉄浅草線 - 京急川崎駅間の急行および押上駅 - 三浦海岸駅間の特急)では、自社車両および東京都交通局所属車両のみであった(京成電鉄所属車両は1968年の三者相互直通運転開始以降1991年まで定期列車では運転されていなかった)ため、京浜急行電鉄所属車両に対する京成電鉄所属車両の担当分を東京都交通局所属車両が多めに京急線に入る=京急に対する京成の使用料を東京都交通局が立て替える形態となることで設定された。しかしそうなると今度は都営地下鉄浅草線で京成電鉄所属車両をその分多めに走らせなければならないことから、京成線と都営地下鉄浅草線との間で運転されている定期列車(当時は主に西馬込駅 - 京成佐倉駅および京成成田駅間の急行)には、ほぼすべての列車を京成電鉄所属車両の運用として、東京都交通局が立て替えた分を自社線乗り入れにはあまり入れないようにして車両使用料を相殺する形を採っていた。その後1991年には北総開発鉄道(現・[[北総鉄道]])と住宅・都市整備公団(鉄道運営は北総開発鉄道に委託)との乗り入れを開始して四者直通運転へと拡大したが、1991年3月より1993年3月までと1995年4月より同年7月までは北総開発鉄道および住宅・都市整備公団所属車両のみの片乗り入れであったため、北総開発鉄道および住宅・都市整備公団所属車両に対する京浜急行電鉄所属車両の担当分を東京都交通局および京成電鉄の所属車両が肩代わりする形で、北総に対する京急の使用料を東京都交通局と京成が立て替えて対処した結果、京急車はこの改正で平日夕方以降の押上駅発着列車を青砥駅まで延長して京成線を可能な限り多く走らせて京成の立て替え分を相殺し、東京都交通局とは都交通局車での運用の一部を京急車に立て替えたり、またこれまで通り京急線からの直通特急の運用をほぼすべてを京急車運用として相殺していた(京急と北総・公団とが相互乗り入れになった1993年4月より都交通局車の京急線内特急運用を設定したが、これは京急と北総・公団との間が一度片乗り入れに戻った1995年4月 - 7月の間にも引き続き設定されていた。その後1999年に快特運用の一部にも進出)などの事例もある。</ref>。
 
また、現行のダイヤで事業者甲の車両運用距離が事業者乙の車両運用距離よりも多くなった場合には、次回のダイヤ改正で逆に事業者乙の車両運用距離を事業者甲のそれよりも多くさせて、次々回のダイヤ改正までに是正する方法が採用される事例がある<ref>[[京王電鉄]]と東京都交通局([[都営地下鉄新宿線]])がその事例である。</ref>。また運行障害等に伴う直通運転中止など突発的事象で運行距離のバランスが崩れる恐れがある場合は本来、事業者甲の車両が充当される運用に事業者乙の車両を代走させたり、途中駅で車両交換を行なうなどによって運用距離を調整することがある
 
他にも、車両運用距離の長短の調整には、運用での調整ではなく、現金で決済を実施する事例もある<ref>営団東西線と国鉄線との相互直通運転の最初期には、後述の千代田線との相互直通とは異なり、超過分を現金で決済していたことがあったが、国鉄の分割・民営化および営団の民営化が実施された現在の調整方法は不明である。なお、営団→東京メトロ東西線はその後[[東葉高速鉄道]]との相互直数運転を開始したが、国鉄との間の最初期の事例とは異なり、両事業者間での走行距離調整については、日本では一般的となっている、車両運用距離を同等にする方式で対処している。</ref>。