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また、函館駅 - 新函館北斗駅間については、並行在来線であるかどうかについては異論があり<ref>{{Cite web|和書|title=新幹線開業後の並行在来線はどうなるのか|url=https://hokkaidofan.com/zairaisen/|website=北海道ファンマガジン|publisher=北海道リレーション株式会社|date=2010-05-14|accessdate=2020-05-26|language=ja|last=北海道ファンマガジン編集部|archiveurl=https://web.archive.org/web/20200928042511/https://hokkaidofan.com/zairaisen/|archivedate=2020-09-28}}</ref>、当該区間は並行在来線ではないとの立場に立つ[[函館市]]はJRによる運行継続を求めていた<ref>{{Cite web|和書|title=【Q&#038;A】18.並行在来線とはそもそも何なのか|url=http://www.shinkansen-hakodate.com/archives/1083|website=北海道新幹線2016.3新函館北斗開業ウェブサイト|accessdate=2020-05-26|language=ja}}</ref>。しかし、[[2011年]](平成23年)4月に初当選した[[工藤壽樹]]函館市長は、同年11月24日、バス転換しないことなどを条件に経営分離容認を表明{{R|group="新聞"|e-kensin20111221}}。函館商工会議所を始めとする諸団体が依然として反対していたため正式決定が遅れたものの、12月21日には経営分離に同意した。
 
函館駅 - 長万部駅間については、沿線自治体の多くが旅客路線としては大部分を廃線並びにバス転換したい意向を示しているが、同区間は北海道と[[本州]]間における鉄道[[物流]]の大動脈となっている[[貨物列車]]も運行されており、仮に同区間を廃線にした場合、物流網が寸断され、道内の地域経済(特に[[第一次産業|農水産業]])に大打撃となる恐れがあることから、[[日本貨物鉄道]](JR貨物)[[日本貨物鉄道北海道支社|北海道支社]]長の小暮一寿は2022年5月に同区間の存廃について、「自社のみでの貨物路線の保有は困難」として、「第三セクターなどによる鉄道維持が望ましい」との見解を出している<ref group="新聞">{{Cite news|和書|title=長万部―函館、鉄道の維持希望 JR貨物支社長、三セク想定 |url=https://web.archive.org/web/20220527113625/https://nordot.app/902883088579706880 |newspaper=共同通信 |date=2022-05-27 |access-date=2022-05-28}}</ref><ref group="新聞">{{Cite news|和書|title=北海道を襲う物流危機 「運べない時代」の到来か |url=https://www.sankei.com/article/20220903-QCJT57Y64JL7FJAHETSB3K2MCE/ |newspaper=産経新聞 |date=2022-09-03 |access-date=2022-09-22 |author=坂本隆浩}}</ref><ref group="新聞">{{Cite news|和書|title=函館線を貨物線として維持、国が協議へ 北海道やJRと旅客と分離 |url=https://www.asahi.com/articles/ASQ9D5RDWQ9DIIPE002.html?iref=ogimage_rek |newspaper=朝日新聞 |date=2022-09-12 |access-date=2022-09-22 |author=堀篭俊材・新田哲史}}</ref>。この問題を受けて、国土交通大臣の[[斉藤鉄夫]]は、函館駅 - 長万部駅間を貨物路線として維持するための方策を、[[北海道庁]]、JR北海道、JR貨物との4者で協議を行うことを2022年9月20日に表明した<ref group="新聞" name="hokkaido-np.co.jp/article/733515" /><ref group="新聞">{{Cite news|和書|title=函館線の貨物網維持へ協議入り表明 国交相、北海道やJR2社と |url=https://www.asahi.com/articles/ASQ9N5CLWQ9NIIPE00Q.html?iref=ogimage_rek |newspaper=朝日新聞 |date=2022-09-20 |access-date=2022-09-22 |author=松本真弥・堀篭俊材}}</ref>。その後、2023年(令和5年)7月26日に前述の4者が札幌市内で開いた協議会において、該当区間における鉄道貨物機能を維持する方針を確認した。これにより、新幹線延伸に伴う並行在来線では初めて貨物専用路線として残る可能性が高くなった<ref group="新聞">{{Cite news|和書|title=函館線「貨物維持が妥当」 25年度めどに結論―国や道、JR |url=https://www.jiji.com/jc/article?k=2023072601059&g=eco |newspaper=時事通信 |access-date=2023-07-28 |date=2023-07-26}}</ref><ref group="新聞">{{Cite news|和書|title=沿線自治体首長、歓迎も課題注視 函館―長万部の鉄道貨物維持 |url=https://digital.hakoshin.jp/news/politics/106502 |newspaper=函館新聞 |date=2023-07-28 |access-date=2023-07-28 |author=山崎大和、今井正一、野口賢清<!-- |archiveurl=https://web.archive.org/web/20230801011029/https://digital.hakoshin.jp/news/politics/106502|archivedate=2023-08-01 -->}}</ref>。また非電化区間が並行在来線として分離されるのが非電化区間として例は初となる。
 
なお、2022年8月31日に開催された北海道と沿線自治体による協議会では、函館駅 - 長万部駅間全区間を第三セクターで維持する場合は経営分離後30年間で累計816億円の赤字が見込まれるとの収支予測を公表した{{R|group="新聞"|hokkaido-np.co.jp/article/724495}}。これを受け、北海道は沿線自治体に対し、赤字圧縮を目的に藤城支線の旅客運行を取りやめる案を提案している{{R|group="新聞"|hokkaido-np.co.jp/article/724495}}。