''Shinobi'' è la storia dell'agente [[ninja]] {{nihongo|Joe Musashi|ジョー・ムサシ|Jō Musashi}} che deve combattere da solo contro un'[[organizzazione criminale]] di [[terrorismo|terroristi]] chiamata "Zeed", allo scopo di liberare i figlioletti dei membri del clan di Oboro, rapiti da "Zeed.", Ilun'[[organizzazione criminale]] capodi [[terrorismo|terroristi]], dell'organizzazioneil cui capo è il misterioso Ninja Mascherato, che vuole riportare in vigore le istituzioni del Giappone feudale.
