Il fidanzamento di Padalecki con la sua co-star di ''[[Supernatural (serie televisiva)|Supernatural]]'' [[Genevieve Cortese]] venne annunciato nel gennaio 2010. I due si sono conosciuti quando la Cortese entrò nel cast della quarta stagione della serie nel ruolo di Ruby. Padalecki si dichiarò a lei nell'ottobre 2009 davanti al loro quadro preferito, "Giovanna d'Arco", daldel francese realista [[Jules Bastien-Lepage]] al [[Metropolitan Museum of Art]] di [[New York City|New York]].<ref>{{cite web |url=http://www.sunvalleymag.com/Sun-Valley-Magazine/Summer-2010/The-Perfect-Winter-Wedding/index.php?cparticle=2 |title=Archived copy |accessdate=1 giugno 2014 |url-status=dead |archiveurl=https://web.archive.org/web/20140605051521/http://www.sunvalleymag.com/Sun-Valley-Magazine/Summer-2010/The-Perfect-Winter-Wedding/index.php?cparticle=2 |archivedate=5 giugno 2014 }}</ref><ref>Godwin, Jennifer, [http://www.eonline.com/uberblog/watch_with_kristin/b160735_jared_padalecki_genevieve_cortese_are.html Jared Padalecki and Genevieve Cortese Are Engaged] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20100225073719/http://www.eonline.com/uberblog/watch_with_kristin/b160735_jared_padalecki_genevieve_cortese_are.html |date=25 febbraio 2010 }}, EOnline.com, 6 gennaio 2010; accesso 14 febbraio 2009.</ref><ref>Kubicek, John, [http://www.buddytv.com/articles/supernatural/notes-from-the-supernatural-10-34204.aspx Notes from the ''Supernatural'' 100th episode party] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20100209060436/http://www.buddytv.com/articles/supernatural/notes-from-the-supernatural-10-34204.aspx |date=9 febbraio 2010 }}, BuddyTV.com; 2 febbraio 2010.<br/>Quote: "Jared Padalecki talking sweetly about his recent engagement to former co-star Genevieve Cortese"; accesso 14 febbraio 2010.</ref><!-- Do not readd minor childrens' info; see [[WP:PRIVACY]]--><ref>{{cite web|last1=Jakle|first1=Jeanne|title=Hollywood Stars Love the Spurs Too|url=http://www.mysanantonio.com/entertainment/entertainment_columnists/jeanne_jakle/article/Fun-star-moments-Spurs-S-A-Sharknado-5669870.php|website=My San Antonio: San Antonio's Home Page|accessdate=9 settembre 2014|url-status=live|archiveurl=https://web.archive.org/web/20140910200323/http://www.mysanantonio.com/entertainment/entertainment_columnists/jeanne_jakle/article/Fun-star-moments-Spurs-S-A-Sharknado-5669870.php|archivedate=10 settembre 2014|df=|date=5 agosto 2014}}</ref> La coppia si è sposata il 27 febbraio 2010, nella città natale della Cortese, [[Sun Valley (Idaho)|Sun Valley]], in [[Idaho]]. Il 10 ottobre 2011, la coppia ha annunciato che stavano aspettando il loro primo figlio. Il loro figlio primogenito, Thomas Colton Padalecki, è nato il 19 marzo 2012.<ref>{{Cita web|url = http://www.chedonna.it/2012/03/28/thomas-colton-e-nato-il-figlio-di-jared-padalecki-e-genevieve-cortese/|titolo = Thomas Colton, è nato il figlio di Jared Padalecki e Genevieve Cortese|accesso = 2015-09-27|sito = CheDonna.it}}</ref> Il 22 luglio 2013 viene invece annunciata la notizia della seconda gravidanza di Genevieve Cortese. Il 22 dicembre 2013 nasce il loro secondogenito, Austin Shepherd "Shep" Padalecki.<ref>{{Cita web|url = http://www.gossip.it/news/un-maschietto-per-jared-padalecki-news.html#.Ur6cxPTuKC0|titolo = Un maschietto per Jared Padalecki|accesso = 2015-09-27|autore = Graziana Mirabile|sito = gossip.it|data = 24 dic 2013}}</ref> Il 17 marzo 2017, è nata la loro terza figlia, Odette Elliott Padalecki.<ref>{{Cite news|url=http://www.eonline.com/news/807583/jared-padalecki-and-wife-genevieve-cortese-expecting-baby-no-3|title=Jared Padalecki and Wife Genevieve Cortese Expecting Baby No. 3|work=E! Online|access-date=12 dicembre 2017|language=en-US|url-status=live|archiveurl=https://web.archive.org/web/20171014153938/http://www.eonline.com/news/807583/jared-padalecki-and-wife-genevieve-cortese-expecting-baby-no-3|archivedate=14 ottobre 2017|df=}}</ref><ref>{{Cite news|url=http://www.eonline.com/news/838992/supernatural-s-jared-padalecki-and-wife-genevieve-cortese-give-birth-to-a-baby-girl-odette-elliott-padalecki|title=Jared Padalecki & Wife Genevieve Cortese Welcome Baby No. 3|work=E! Online|access-date=12 dicembre 2017|language=en-US|url-status=live|archiveurl=https://web.archive.org/web/20170903222310/http://www.eonline.com/news/838992/supernatural-s-jared-padalecki-and-wife-genevieve-cortese-give-birth-to-a-baby-girl-odette-elliott-padalecki|archivedate=3 settembre 2017|df=}}</ref> La coppia risiede ad [[Austin (Texas)|Austin]], in [[Texas]], con i loro tre figli.
Padalecki e i suoi colleghi di ''Supernatural'' [[Jensen Ackles]] e [[Misha Collins]] hanno supportato [[Beto O'Rourke]] per le [[Elezioni del Senato degli Stati Uniti d'America in Texas del 2018|elezioni del Senato del 2018 in Texas]].<ref>https://twitter.com/mishacollins/status/1058588434145533952</ref>
