Carlotta è figlia del conte [[Francia|francese]] Jean Costa de Saint Genix de Beauregard, che dal [[1990]] al [[1992]] ha avuto una relazione con la madre Alena Zofkova (di origine [[Repubblica Ceca|ceca]]). Dopo la fine della relazione, interrotta negli ultimi mesi del 1992, la madre crebbe da sola i due figli. Nel [[2015]], Jean Costa si è ricongiunto alla figlia riconoscendola come sua legittima discendente. Di conseguenza Carlotta è stata associata al titolo nobiliare del padre ed ha aggiunto il suo cognome a quello materno<ref>{{Cita news|autore = Stefano Arcobelli|url = http://www.gazzetta.it/Nuoto/26-12-2015/nuoto-padre-ritrovato-natale-speciale-carlotta-zofkova-14073164234.shtml|titolo = Nuoto, un padre ritrovato è il Natale speciale di Carlotta Zofkova|pubblicazione = [[La Gazzetta dello Sport]]|data = 2015-12-27|accesso = 2020-04-30}}</ref>.
