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Il film inizia con una narrazione ''ante litteram'': la giovane Alicia Marcus, figlia del co-fondatore dell'[[Umbrella Corporation]] James Marcus, nacque affetta da [[progeria]], una malattia genetica rara che causa invecchiamento precoce riducendo drasticamente l'aspettativa di vita; allo scopo di curarla, suo padre sviluppò il [[virus T]], che le ha restituito una vita normale, ma con i gravi effetti collaterali di rendere pazzi i vivi e resuscitare i morti. Allo stesso tempo, l'intelligenza artificiale gestrice delle strutture della Umbrella venne modellata su una rappresentazione olografica proprio di Alicia. Il virus fu occultato, ma il co-fondatore dell'Umbrella [[Personaggi di Resident Evil#Dr. Alexander Isaacs|Alexander Isaacs]] uccise Marcus per impossessarsene e si prese di Alicia, rimasta sola ed erede del 50% della proprietà dell'Umbrella; l'intelligenza artificiale di Marcus venne poi sfruttata come multi-sistema informatico denominato "Regina Rossa".
Nel presente, a [[Washington]], la [[Casa Bianca]] è caduta e tutti gli umani sono morti, tranne Alice che, dopo uno scontro con un Kipepeo, viene contattata dalla Regina Rossa che le rivela l'esistenza di una provetta di anti-virus, risolutivo contro l'infezione globale, situata nel laboratorio Umbrella nel sottosuolo di [[Raccoon City]], e che deve essere recuperata entro brevissimo tempo, pena la morte delle poche migliaia (4472 per l'esattezza) di persone al mondo non ancora infette. Durante la corsa verso la città, Alice viene catturata da un cingolato dell'Umbrella con a bordo il dottor Isaacs, o meglio un clone del reale (innei film precedenti precedenzaAlice aveva ucciso un suo clone mostruoso), ma riesce a liberarsi e fugge a bordo di una moto verso il centro di Raccoon City, dove incontra [[Claire Redfield]] e gli ultimi superstiti in città arroccati in un grattacielo. I superstiti, male armati ed organizzati, vengono assediati contemporaneamente da un'orda di mostri e dai cingolati di Isaacs, ma vincono lo scontro e mettono in fuga il dirigente della Umbrella.
Il gruppo formato da Alice, Claire, Christian, Doc, Razor, Abigail e altri due sopravvissuti raggiunge il cratere dell'esplosione atomica (il centro di Raccoon City fu bombardato con un'esplosione nucleare per contenere, invano, il contagio) dove scampano ad un attacco di cani mutati, tranne Christian e uno dei due sopravvissuti che vengono morsi, e raggiungono l'ingresso; qui la Regina Rossa rivela come i dirigenti Umbrella (tra cui Isaacs) avevano deciso di rilasciare il virus T deliberatamente come un'ipocrita soluzione a problemi tra cui la sovrappopolazione mondiale, allo scopo di sopravviverne per ripopolarlo e modellarlo a loro piacimento, inoltre la regina rossa avvisa Alice che un membro del suo gruppo, è una talpa al servizio della Umbrella. Vagando per i corridoi dell'Alveare il gruppo giunge ad una turbina spenta, dopoWesker aversi persoaccorge altridella membriloro delpresenza attivando quindi la corrente e invertendo il senso di rotazione della turbina che quindi inizia a risucchiare i protagonisti, portando alla morte Abigail, che viene letteralmente tritata. Successivamente il gruppo giunge a dei condotti dove riattivata la corrente, l'altro sopravvissuto perde la vita cadendo in una trappola, in quanto i condotti nascondevano delle botole e cadendoci dentro si finisce giù in un burrone. La trappola dei condotti porta Alice raggiungee Razor in un laboratorio marcio e tetro, dove trovano tanti non-morti sottoposti ad esperimenti, accorgendosi di essere seguiti da qualcosa, un mostro molto veloce e piú grande del normale che uccide Razor, e che Alice riesce a sconfiggere, mentre Claire si trova rinchiusa in una teca riuscendo comunque a fuggire. Wesker vedendo che Alice è ormai prossima all'arrivo, chiede alla regina rossa di svegliare il vero dottor Isaacs dalla cella criogenica. Alice e Doc intanto raggiungono il piano sotterraneo più profondo, sede delle celle criogeniche con all'interno i dirigenti dell'Umbrella. Trovae arrivati nella stanza dove si trova l'antiviris trovano il vero Alexander Isaacs custodea dellacustodire fialala dell'antivirusfiala, ilcon qualeDoc leche si rivela la talpa e Claire tenuta in ostaggio da Wesker. Isaacs rivela ad Alice che lei in realtà è un clone modificato di Alicia Marcus, ormai anziana e invalida (è per questo che Alice non ha alcun ricordo precedente al suo risveglio nella villa del primo film). Poiché co-proprietaria dell'azienda, Alicia licenzia Albert Wesker (che aveva catturato Claire), liberando la Regina Rossa dai suoi obblighi, permettendole di ucciderlo, e di ribellarsi ementre Alice atterra Doc, lasciando a Claire il colpo di daregrazia. tempoAlicia chiede ad Alice di compierecompletare la missione che sfortunatamente costerebbe la vita anche a lei. Alice si scontra con Isaacs fino alla camera a raggi laser: rimane ferita maperó riesce ad ucciderloavere definitivamentela meglio sul rivale e a recuperare la provetta contenente l'antivirus, quindi accingendosi a liberare la cura, viene fermata da (Isaacs muoreche persi manoera delripreso dallo scontro nella camera a raggi laser, che peró viene ucciso dal suo clone (dato che dichiaraIsaacs creó tutti i suoi cloni facendogli credere di essere illoro "vero"reali) Isaacsche dopo lo scontro con Alice nel grattacielo aveva recuperato il cingolato e si era diretto verso l'alveare seguito da un esercito di non-morti. Subito dopo il clone viene sbranatoucciso daglidai zombi)non-morti, permettendo ad Alice di liberare l'antivirus che istantaneamente uccide tutti gli infetti circostanti e asi recuperareaccascia priva di sensi, mentre l'alveare esplode; si risveglia poco dopo tra le braccia di Claire: la provettaRegina contenenteRossa, dopo averle mostrato una galleria di immagini della sua infanzia mai avuta, le spiega che l'antidoto ha neutralizzato solo le sue cellule infette facendola tornare un normalissimo essere umano. Il film si conclude con Alice in sella ad una moto. Benché l'antivirus sia stato liberato, impiegherà tempo ad espandersi per tutto il mondo. Alice decide quindi di continuare la sua lotta contro i mostri rimasti andando in soccorso degli umani superstiti affinché l'umanità possa così ricominciare.
Dopo aver fatto saltare in aria l'Alveare, Alice libera l'antivirus che istantaneamente uccide tutti gli infetti circostanti e si accascia priva di sensi; si risveglia poco dopo tra le braccia di Claire: la Regina Rossa, dopo averle mostrato una galleria di immagini della sua infanzia mai avuta, le spiega che l'antidoto ha neutralizzato solo le sue cellule infette facendola tornare un normalissimo essere umano. Il film si conclude con Alice in sella ad una moto. Benché l'antivirus sia stato liberato, impiegherà tempo ad espandersi per tutto il mondo. Alice decide quindi di continuare la sua lotta contro i mostri rimasti andando in soccorso degli umani superstiti affinché l'umanità possa così ricominciare.
== Produzione ==
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