Diversamente dal normale gameplay, in cui tutti i personaggi e l'ambiente grafico sono bidimensionali, i combattimenti sono resi tutti interamente in [[Computer grafica 3D|3D]]. ''Wild Arms'' usa una struttura di [[battaglia a turni]] in cui il giocatore deve scegliere l'azione da compiere nel menù dei comandi. L'ordine in cui ogni personaggio o nemico realizza queste azioni è basato sulla "reazione" (RES), statistica, che denota quanto un personaggio o nemico si comporta più o meno rapidamente. Più è alta la reazione del personaggio più probabile è che il personaggio attacchi prima del nemico. Il giocatore ha l'opportunità di utilizzare gli oggetti curativi ogni turno, fuggire dalla battaglia, attaccare normalmente o usando speciali abilità o attaccare. Le unità nemiche sono sconfitte quando i loro [[punti ferita]], una numerica rappresentazione della loro vitalità, è ridotta a zero. I punti ferita possono essere ridottaridotti attaccando un nemico con l'attacco standard, abilità speciali abilità o magie.
Ognuno dei tre personaggi giocabili ha un'unica collezione di abilità che possono essere usate per sconfiggere nemici o porre assistenza ai membri del gruppo. Rudy utilizza le "ARMs", potenti anche se limitati attacchi che richiedono delle [[armi da fuoco]] che consumano una unità di [[munizioni]], Le "Mosse rapide" di Jack possono danneggiare gli avversari in vari modi, e le [[magie]] di Cecilia possono recuperare i punti ferita del gruppo e aumentare le statistiche oppure danneggiare nemici con delle magie nociveoffensive. Inoltre, un personaggio può equipaggiarsi con degli speciali elementi chiamati "Rune" che permettono di evocare dei potenti guardiani in grado di aiutare il gruppo nella battaglia. Nuove abilità sono acquisite con l'avanzare della storia principale, completando delle ricerche secondarie, o comprandole in dei negozi.
Durante il combattimento, ogni personaggio ha una "Barra di potenza" divisa in quattro sezioni chiamate "Livelli". ComeCon lal'aumento barradella aumentabarra, il giocatore potrà usare una delle quattro "Tecniche Potenti", che sono disponibili sonosolo ilin certe aree del gameplay. Queste tecniche permettono al personaggio di realizzare delle speciali azioni ogni volta che attacca o usa abilità, aggiungendo agli attacchi, unmigliorandone l'efficacia migliore. L'abilità di Cecilia "[[Mistico]]" , per esempio, può usare un elemento che influirà su tutti i personaggi anziché uno solo,e l'mentre"Acceleratore" di Jack da a lui l'opzione di agire per primo nel prossimo turno di combattimento, senza tener conto della sua o della velocità del nemico. Mano a mano che la Barra della Potenza aumenta e più l'abilità avrà un maggior effetto.
