Si rese eleggibile per il [[Draft NBA 2016]], che si svolse al [[Barclays Center]] di [[Brooklyn]] il 23 giugno, durante il quale venne selezionato alla decima scelta assoluta dai [[Milwaukee Bucks]], diventando il primo giocatore proveniente dall'high-school ad andare subito in NBA senza essere passato dal college a 11 anni di distanza dal'ultima volta.<ref>{{Cita web|url=http://www.espn.com.au/nba/draft2016/story/_/id/16461999/2016-nba-draft-milwaukee-bucks-take-thon-maker-no-10-overall-pick|titolo=Bucks draft Sudan native Thon Maker, 19, with 10th pick|data=23 giugno 2016|lingua=en|accesso=23 giugno 2016}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://sports.yahoo.com/blogs/ncaab-the-dagger/thon-maker-being-ruled-draft-eligible-highlights-potential-loophole-211453383.html|titolo=Thon Maker being ruled draft-eligible highlights potential loophole|lingua=en|accesso=3 aprile 2017}}</ref> All'high-school giocò anche a calcio prima di cimentarsi nel basket.<ref name=":2" /><ref name=":6" />
Il 22 gennaio 2017 partì per la prima volta da titolare con i [[Milwaukee Bucks|Bucks]] nella gara persa 109-97 in trasferta contro i [[Miami Heat]].<ref>{{Cita web|url=https://watch.nba.com/game/20170121/MILMIA|titolo=NBA LEAGUE PASS {{!}} NBA.com|sito=watch.nba.com|lingua=en|accesso=24 gennaio 2017}}</ref><ref name=":7">{{Cita web|url=https://sport.sky.it/nba/2017/01/23/nba-milwaukee-bucks-compagni-mettono-jabari-parker-panchina.html|titolo=NBA, i compagni mettono Jabari Parker in panchina|accesso=2019-02-12}}</ref> Tra l'altro partì titolare per una punizione inflitta al collega di reparto [[Jabari Parker]] dai suoi compagni di squadra.<ref name=":7" /> Da febbraio a seguito di un infortunio al legamento crociato anteriore del ginocchio sinistro accorso all'ala grande titolare dei [[Milwaukee Bucks|Bucks]] Jabari Parker, Maker partì più spesso in quintetto base, seppur senza tenere minutaggi alti.<ref>{{Cita news|lingua=en|url=http://www.jsonline.com/story/sports/nba/bucks/2017/02/10/notes-bucks-maker-gets-start-power-forward-parker-out/97738766/|titolo=Notes: Bucks' Maker gets start at power forward with Parker out|pubblicazione=Milwaukee Journal Sentinel|accesso=3 aprile 2017}}</ref> Il 1º aprile 2017 segnò il suo career-high di punti mettendone a segno 23 in 24 minuti nella gara vinta in casa per 108-105 all'''overtime'' contro i [[Detroit Pistons]], in cui lui partì titolare.<ref name=":6" /><ref>{{Cita news|lingua=en|url=http://www.foxsports.com/wisconsin/story/milwaukee-bucks-thon-maker-khris-middleton-sets-career-high-leads-bucks-to-overtime-victory-033117|titolo=Maker sets career high, leads Bucks to overtime victory {{!}} FOX Sports|pubblicazione=FOX Sports|data=31 marzo 2017|accesso=3 aprile 2017}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://watch.nba.com/game/20170331/DETMIL|titolo=NBA LEAGUE PASS {{!}} NBA.com|sito=watch.nba.com|lingua=en|accesso=3 aprile 2017}}</ref> I Bucks arrivarono sesti a est a fine anno con un record di 42-40 e nei playoffs incontrarono i [[Toronto Raptors]]. Dopo essere passati in vantaggio nella serie per 2-1 con una sontuosa vittoria in casa per 104-77 (in cui Maker segnò 11 punti)<ref>{{Cita web|url=http://www.espn.com/nba/game?gameId=400950410|titolo=Raptors vs. Bucks - Game Summary - April 20, 2017 - ESPN|sitolingua=ESPN.comen|accesso=28 aprile 2017}}</ref> i cervi vennero rimontati perdendo la serie per 4-2.
L'anno successivo trovò più spazio in uscita dalla panchina.<ref name=":8">{{Cita web|url=https://www.nbareligion.com/2019/01/27/mercato-nba-thon-maker-chiede-di-essere-scambiato/|titolo=Mercato NBA, Thon Maker chiede di essere scambiato|autore=Simone Simeoni|data=2019-01-27|accesso=2019-02-12}}</ref> Si fece notare particolarmente nei playoffs in gara-4 contro i [[Boston Celtics]] con 5 stoppate che consentirono ai cervi di vincere la sfida e portare la serie sul 2-2.<ref name=":6" /><ref>{{Cita web|url=http://www.espn.com/nba/boxscore?gameId=401029434|titolo=Celtics vs. Bucks - Box Score - April 22, 2018|lingua=en|accesso=2019-02-12}}</ref> Tuttavia anche in questo caso i Bucks uscirono al primo turno (questa volta a gara-7).<ref>{{Cita web|url=https://sport.sky.it/nba/2018/04/29/playoff-nba-2018-boston-milwaukee-112-96-gara-7|titolo=Boston vince gara-7, ora c’è Phila in semifinale|accesso=2021-04-30}}</ref>
