Nel suo primo giorno da sindaco ha affrontato le molestie da parte di un gruppo di uomini che hanno assalito il suo ufficio e l'hanno avvertita di dimettersi dalla carica.<ref>{{Cita news|lingua=en|autore=Fatima Faizi|autore2=Rod Nordland|url=https://www.nytimes.com/2019/10/04/world/asia/zarifa-ghafari-afghanistan-maidan-shar.html|titolo=Afghan Town’s First Female Mayor Awaits Her Assassination|pubblicazione=[[The New York Times]]|data=4 ottobre 2019|accesso=17 agosto 2021|issn=0362-4331}}</ref> Ha anche affrontato minacce di morte da parte dei [[talebani]] e dell'[[Stato Islamico (organizzazione)|ISIS]] dopo aver assunto le sue funzioni di sindaco. Zarifa ha prestato giuramento come sindaco di Maidanshahr nel marzo 2019.
Durante il suo mandato ha introdotto una campagna contro l'abbandono dei rifiuti nella sua città ed è diventata un modello da seguire per altre donne.<ref name="iwoc">{{Cita web|url=https://www.state.gov/2020-international-women-of-courage-award/|sito=United States Department of State|lingua=en-US|dataaccesso=2020-03-13}}</ref> È sopravvissuta anche a diversi tentativi di omicidio; dopo che suo padre è stato ucciso da uomini armati il 5 novembre 2020, ha detto: "Sono i [[talebani]]. Non mi vogliono a Maidanshar. Ecco perché hanno ucciso mio padre".<ref>{{Cita news|nome=Fatima|cognome=Faizi|nome2=Thomas|cognome2=Gibbons-Neff|url=https://www.nytimes.com/2020/11/06/world/asia/afghanistan-mayor-zarifa-ghafari.html|titolo=An Afghan Mayor Expected to Die. Instead, She Lost Her Father.|pubblicazione=The New York Times|data=November 6, 2020|accesso=August 16, 2021}}</ref> Il 15 agosto 2021, dopo la [[Offensiva talebana del 2021|caduta]] di [[Kabul]] in mano ai talebani, disse: "Sono seduta qui ad aspettare che arrivino. Non c'è nessuno che aiuti me o la mia famiglia. Sto sola seduta con loro e mio marito. E verranno per le persone come me e mi uccideranno".<ref>{{Cita news|nome=Antonio|cognome=Planas|url=https://www.nbcnews.com/news/world/female-mayor-afghanistan-says-she-s-waiting-taliban-come-kill-n1276914|titolo=Female mayor in Afghanistan says she's waiting for Taliban to 'come ... and kill me'|pubblicazione=NBC News|data=August 16, 2021|accesso=August 16, 2021}}</ref>
