Muore il 27 agostoluglio 2008 nella sua abitazione a [[Roma]] vicino a Piazza Vescovio, all'età di 84 anni, a causa di un infarto; i funerali si svolsero quattro giorni dopo in forma privata, presso la [[Basilica di Santa Maria in Montesanto]], conosciuta come la [[Basilica di Santa Maria in Montesanto|Chiesa degli Artisti]] a [[Piazza del Popolo (Roma)|Piazza del Popolo]], dove hanno presenziato alcuni volti del cinema e teatro; dopo la cerimonia funebre, l'attrice dove riposare inizialmente nel [[Cimitero del Verano|Cimitero Monumentale del Verano]], ma non essendoci stata la possibilità di tumularla, venne cremata e le ceneri sono state custodite ai familiari e conservate nella sua residenza dove visse per tanti anni.<ref>{{Cita web|url=https://www.vignaclarablog.it/200807292832/marisa-merlini-le-esequie-alla-chiesa-degli-artisti/|titolo=Marisa Merlini - le esequie alla Chiesa degli Artisti|autore=Claudio Cafasso|sito=VignaClaraBlog.it|data=2008-07-29|lingua=it-IT|accesso=2021-10-29}}</ref>
