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L'URSS continuava la Guerra Fredda contro l'America e, scoperta la vera identità di Crypto, attacca con dei missili nucleari la nave madre e manda gli agenti del KGB ad assassinare il Furon nascosto negli USA. Pox (il mentore di Crypto, risiedente nella nave madre attaccata dai russi) è riuscito a salvarsi poco prima dell'esplosione trasportando le sue onde cerebrali in un ologramma. Inizia così la nuova missione dei due extraterrestri, intenti ad eliminare il KGB e svelare i piani sovietici.
== Siti da invadere ==
Come nel precedente capitolo, anche in questo ci sono varie mappe da invadere per compiere missioni:
* '''Bay City:''' Evidente parodia di [[San Francisco]], la città si trova sulla costa occidentale degli Stati Uniti, precisamente in California. Ospita varie zone ricorrenti alla famosa città, come il [[Golden Gate Park]], la [[prigione di Alcatraz]] (''The Rock'' nel gioco e sede del KGB negli Stati Uniti) e la famosa [[Coit Tower]], monumento degli anni '30 dedicato ai pompieri di San Francisco.
* '''Albione:''' Albione, parodia di [[Londra]], è una città situata in Inghilterra, attraversata dal fiume [[Tamigi]] e con vari monumenti ricorrenti alla città inglese: Il [[palazzo di Westminster]], [[Hyde Park]] (dove Crypto ha fermato un'epidemia di mutageni creata dal KGB) e il [[Tower Bridge]].
* '''Takoshima:''' Una città situata in [[Giappone]], evidente parodia di [[Tokyo]]. La città è costituita da varie zone, governata da diverse fazioni. Come per l[[Tokyo|'omonima città]], anche questa mappa rispecchia alcune caratteristiche: la [[Tokyo Tower|Torre di Tokyo]] (''Red Tower'' nel gioco), un Vulcano ossia il [[Fuji (monte)|Monte Fuji]] e un Tempio Zen. All'interno del Vulcano, c'è una base segreta del KGB.
* '''Tunguska:''' Una località situata in Siberia, ricorrente all'[[Evento di Tunguska|omonimo evento avvenuto nel 1908]]. In questa mappa è presente la base generale del KGB, dove vengono gestite tutte le informazioni per bloccare Crypto. Il centro principale di Tunguska si sviluppa in una piccola cittadina nota come ''Science Town'' in cui è presente una centrale nucleare.
* '''Solaris:''' Solaris è una base costruita dal KGB sulla Luna, nonché dimora del nemico principale. A quanto affermano alcune missioni ambientate su questa mappa, il gioco si svolge nel 1969 anno dello [[Allunaggio|sbarco sulla luna]], ma stavolta compiuto dall'Unione Sovietica.
== Innovazioni ==
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