La trama di ''Samurai Champloo'' si sviluppa attorno al viaggio di tre persone:
* ''Mugen'' - un rozzo e trasandato [[vagabondo]] che viene dalle isole [[Ryūkyū]]; ha uno stile di combattimento che richiama la [[break dance]] e che ha somiglianze con la [[capoeira]]. Odia combattere se imposto e lo fa solo per soddisfare se stesso o per soldi, mette in mostra le sue abilità anche per avere un pasto gratis. Per quanto crudele possa essere, ha a cuore Jin e Fuu. È molto irritabile, egocentrico, beve molto e si fa mettere sotto da tutte le donne con cui ci prova.
* ''Jin'' - un calmo e stoico [[rōnin]] che combatte nelutilizzando il tipico stile [[Kenjutsu]] dei [[samurai]]. Per quanto possa esseresembrare distaccato, resta ammaliato dalle belle donne (comee Goemon,rimane inclusainfatuato l'appartenenzada allaalcune. suaInoltre, spadatiene parimolto allaa suaMugen anima).e IlFuu, suoritenuti maestroda dilui dojo"i unasuoi notteprimi tentaveri diamici". assassinarloAccusato edai luisuoi numerosi ex compagni di rimandoallenamento lodell'assassinio uccidedel senzaproprio riconoscerlomentore, aquesti causacercheranno diJin questoin svariatitutto suoiil ex-compagniGiappone cercherannoper vendettavendicare il maestro.
* ''Fū Kasumi'' - una giovane e, decisa ed ormai ex cameriera quindicennedi quindici anni che recluta i due guerrieri perchépurché l'aiutino a ritrovare il "samurai che profuma di [[Helianthus annuus|girasoli]]". Durante il viaggio, i tre viandanti ricevono dadalle persone altriincontrate personaggisul indizicammino sempre più indicazioni su questocome trovarlo. Viaggia sempre con uno scoiattolo volante di nome Momosan''Momo''. È gelosa delle donne che vengono considerate più belle di lei e odia sentire che il suo seno non è sviluppato. ÈSebbene moltosia empatica con molte persone (dato che maggior parte ha perso i genitori). Didi statura minuta, e'è dotata di un incredibile appetito, dimostrato in una gara a cui partecipa, dove riesce a mangiare più di trenta ciotole di riso con carne, poi persa a causa di una distrazione dovuta ad una mosca che la tormentava.
Così come in ''Cowboy Bebop'', i personaggi secondari di ''Samurai Champloo'' sono molti e, per questo, poco sviluppati. A parte il trio di protagonisti, nessun personaggio compare in più di tre episodi.
