Nel 4 [[BBY]], quindici anni dopo la fondazione dell'Impero Galattico, Rex apparve dinanzi al gruppo di ribelli formato da [[Kanan Jarrus]], [[Ezra Bridger]], [[Star Wars Rebels#Ribelli|Hera Syndulla]], [[Star Wars Rebels#Ribelli|Sabine Wren]] e [[Star Wars Rebels#Ribelli|Garazeb Orellios]]. Si scopre infatti che Rex aveva scelto di non unirsi all'esercito Imperiale e di vivere quindi da nomade assieme ai suoi fratelli Wolffe (CC-3636) e Gregor (CC-5576-39) sul pianeta Seelos. Partecipa quindi come parte attiva alla ribellione contro l'Impero, poiché deciso ad aiutare la sua vecchia amica Ahsoka (unitasi anche lei al gruppo di Kanan ed Ezra).<ref>{{Cita TV|titolo=Relics of the Old Republic|trasmissione=Star Wars Rebels|wktrasmissione=Star Wars Rebels|stagione=3|cognome=Melching|nome=Steven|episodio=3|data=21 ottobre 2015}}</ref> Grazie al loro aiuto, Rex e i suoi due fratelli, a bordo del loro vecchio [[AT-TE]], riescono a respingere gli [[AT-AT]] dell'agente imperiale [[Kallus]] e a fuggire da Seelos, prendendo dunque parte attivamente nella ribellione. Inizialmente non sembra avere buoni rapporti con Kanan (poiché questi era arrabbiato con lui per essere un clone ed era cosciente di ciò che i cloni avevano fatto ai Jedi durante l'Ordine 66) ma, quando questi giunge in suo soccorso per salvarlo dallo spregevole ammiraglio imperiale [[Star Wars Rebels#Impero Galattico|Brom Titus]], i due diventano buoni amici.
Nell'ultimo episodio della quarta e ultima stagione di Rebels viene scoperto che Rex ha combattuto nella battaglia di Endor insieme all'alleanza ribelle.
