Basic local alignment search tool: differenze tra le versioni
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== Funzionamento ==
Una ''ricerca BLAST'' permette al ricercatore di confrontare una sequenza di interesse con un [[database]] di sequenze già conosciute, e di identificare tra queste ultime quelle che presentano delle somiglianze con la sequenza di interesse.<ref>{{Cita web|url=https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD%20=%20Web&PAGE_TYPE%20=%20BlastDocs&DOC_TYPE%20=%20DeveloperInfo|titolo=BLAST: Basic Local Alignment Search Tool|sito=blast.ncbi.nlm.nih.gov|lingua=en|accesso=2022-02-23}}</ref><ref name=":0">{{Cita libro|autore=David W. Mount|titolo=Bioinformatics Sequence and Genome Analysis|accesso=2022-02-23|annooriginale=2004|lingua=en|ISBN=978-0-87969-712-9}}</ref><ref>{{Cita pubblicazione|nome=Won Cheol|cognome=Yim|nome2=John C.|cognome2=Cushman|data=2017-06-22|titolo=Divide and Conquer (DC) BLAST: fast and easy BLAST execution within HPC environments|rivista=PeerJ|volume=5|pp=e3486|lingua=en|accesso=2022-02-23|doi=10.7717/peerj.3486|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5483034/}}</ref> Ad esempio, in seguito alla scoperta di un [[gene]] di [[Mus musculus|topo]], prima sconosciuto, gli scienziati tipicamente compiono una ricerca BLAST nel [[genoma umano]] per vedere se contiene geni con sequenze somiglianti; una volta trovati i due geni "affini" si può indagare sperimentalmente la funzione di quello proveniente dal topo e ottenere così indizi sulla possibile funzione di quello umano.
È possibile suddividere l'algoritmo BLAST in 3 principali fasi:
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# Ricerca delle parole W all'interno della banca dati.
# Elongazione delle sequenze di hit, cioè quelle trovate, ed assegnamento di uno score. Tali sequenze saranno date da un allineamento di tipo locale.
Le sequenze che si andranno a considerare saranno solo quelle il cui score supera una certa soglia di threshold T, che verranno chiamate HSP ('''H'''igh-scoring '''S'''egment '''P'''air).<ref name=":0" />
== Note ==
<references />
== Collegamenti esterni ==
* {{cita web|https://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/|Il sito internet di NCBI-BLAST}}
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