Nato in [[Sudafrica]] da genitori inglesi, la sua famiglia dovette fuggire dal paese all'inizio della [[Seconda guerra boera]], a causa dell'accusa che i [[Boeri]] mossero contro il padre di Basil, ritenuto una spia al servizio dei britannici. Dopo il rientro in Inghilterra, Basil studiò alla [[Repton School]] e trovò poi lavoro presso la Globe Insurance Companies.
Allo scoppio della [[Primaprima guerra mondiale]] prestò servizio nel [[London Scottish Regiment]] a partire dal 1916. In questo corpo egli incontrò altri attori di rilievo quali [[Claude Rains]], [[Herbert Marshall]] e [[Ronald Colman]]. Successivamente venne trasferito al 2º battaglione dei [[Liverpool Scottish]] col grado di [[luogotenente]] e prestò servizio come ufficiale dell'intelligence raggiungendo poi il grado di [[capitano]]. Durante la guerra, dimostrò coraggio e astuzia (doti che poi saranno per coincidenza anche le stesse del personaggio più memorabile della sua carriera di attore, Sherlock Holmes), quando in un'occasione, intenzionato ad ottenere una migliore visibilità sul campo, convinse i suoi superiori a permettergli di tracciare le posizioni del nemico in pieno giorno anziché di notte come era in uso fare. Rathbone completò la missione con successo camuffandosi anche con travestimenti che lo rendessero il meno evidenziabile possibile e per questo nel 1918 venne insignito della [[Military Cross]]. Durante lo scontro mondiale suo fratello John morì.
Nel 1914 sposò l'attrice [[Marion Foreman]], dalla quale divorziò nel 1926 a causa della sua relazione extraconiugale con l'attrice [[Eva Le Gallienne]]. Si sposò una seconda volta nel 1927 con la scrittrice [[Ouida Bergere]]; i due rimasero insieme fino alla morte di lui nel 1967. Ouida morirà nel 1974.