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== Trama ==
{{Organizzare|Trama da sintetizzare.}}
NieR Automata è diviso in 4 run principali, alle quali si aggiungono 2 run segrete (A, B, C, D, E, Y). Le restanti run sono rappresentate dalle restanti lettere dell'alfabeto; sono facoltative e portano a un finale ironico o spiacevole legato alla morte del giocatore o al fallimento in una determinata missione.
=== Run A/B, Parte 1 ===
In seguito a un'invasione aliena il mondo è invaso dalle biomacchine, costruite appunto dagli alieniinvasori. L'umanitàI èpochi estintasopravvissuti dasi temporiuniscono manel alcuniConsiglio sonodell’Umanità sopravvissutie (consigliosi dell'umanità)rifugiano in una base situata sulla Luna, la quale èe protetta dal "bunker"“Bunker”, base operativa deglidella YoRHa:, un essigruppo sonodi androidi con caratteristiche umane creati dal consiglioConsiglio conal caratteristichefine umane perdi sconfiggere le biomacchine e liberarepermettere ilall’Umanità pianetadi affinchérinascere l'umanitàsulla possa rinascereTerra.
InDurante un'operazione militare gli androidi 2B (modello 2, tipo battaglia) e 9S (modello 9, tipo scanner) affrontano le biomacchine e i goliath "Marx" e "Engels" ma vengono circondati e sono costretti a farsi implodereesplodere unendo le loro scatole nere. Nonostante ciò, l'operazione riesce e gli androidi vengono rigenerati al bunker dove il comandante affida loro la protezione della "resistenzaResistenza", un avamposto di cyborg alleato del consiglio.
Gli androidi si dirigono quindi sulla terra e, dopo qualche missione, raggiungono il deserto il quale è invaso dadalle biomacchine. Queste ultime iniziano a formare un bozzolo dalla quale esce un ibrido androide/biomacchina, Adam. Dopo la sua sconfitta il suo corpo si rigenera e da esso esce un secondo ibrido, Eve. 2B e 9S sono costretti alla ritirata nel campo della resistenza. Dopo una breve pausa ilIl comandante incarica gli androidi del recupero di alcune unità YoRHa ancora funzionanti in un'area ad est dell'accampamento; qui gli androidi scopriranno che le biomacchine cercano di imitare i comportamenti degli umani in un fatiscente luna park e neutralizzano il Goliath Simone. Dopo la distruzione di Simone gli androidi sono invitati al villaggio di Pascal, questauna biomacchina che ha unito varie biomacchinemacchine disconnesse dalla rete per creare rapporti pacifici con umani e androidi; la conoscenza di Pascal è però interrotta dall'arrivo di un altro Goliath Engels,. che dopoDopo averlo distrutto il bunkerBunker rileva un segnale: gliproveniente alienidal sisottosuolo. trovano nel sottosuolo!
2B e 9S raggiungono subito le profondità della città ma trovano un cimitero alieno gestito da Adam e Eve: durante lo scontro i due rivelano che le biomacchine si ribellarono ed uccisero gli alieni mossi dal desiderio di conoscere gli umani. I due scompaiono e il comando affida agli androidi una nuova missione: rintracciare dei segnali provenienti dalla foresta, abitata da biomacchine medievali devote al "Re della foresta", un bebè biomacchina. Quest'ultimo viene ucciso da A2 (modello 2, tipo attaccante), un prototipo di androide ribelle ricercato per tradimento. Dopo la sua fuga 2B e 9S si occupano di una biomacchina nell'oceano pacifico ma durante lo scontro, per distruggerla, 9S subisce gravissimi danni e viene rapito da Adam mentre 2B è svenuta in seguito all'esplosione del Goliath.
Mentre 2B cerca l'amico grazie a uno scanner ideato dagli androidi della resistenza Devola e Popola, 9S recupera piano piano la memoria interfacciandosi al server centrale YoRHa. 2B trova Adam nellain una città clone, da lui stesso creata, peral fine di studiare gli umani, e lo affronta. 9S scopre così che il consiglioConsiglio dell'umanitàUmanità non è mai esistito, ale suoin postorealtà visulla Luna è l'ultimocustodito l’ultimo campione di genoma umano. 2B uccide Adam e salva 9S dal suo gioco perverso. Più tardiSuccessivamente 2B raggiunge Pascal peral fine di contattare delle biomacchine le qualiche offrono un trattato di pace, ma d'un tratto queste impazziscono e i due sono costretti a scappare. a9S, fornireche supportoha cifornito saràsupporto 9Sentrando neinella corpirete delle biomacchine. Terminata la missione 9S, chiede conferma delle rivelazioni al comandante, che conferma tutto quanto ed affida a 9S un incarico prima di raggiungere 2B: scegliere cosa fare per il futuro.
Eve scopre della morte del fratello e decide di uccidere 2B e 9S ma i due hanno la meglio. Tuttavia, durante un hacking per indebolirloindebolire Eve, 9S rimane infettato da un virus e per evitare il contagio 2B è costretto a ucciderlo ed a non rigenerare più il suo corpo. 2B, disperata, esegue l'ordine ma scopre che 9S è ancora salvo grazie alla rete delle biomacchine pacifiche, la quale ha conservato i suoi dati prima dell'infezione permettendo il trasferimento in un nuovo corpo.
=== Run C/D, Parte 2 ===
Dopo la distruzione di Adam e Eve la rete delle biomacchine appare instabile e gli YoRHa lanciano, per volere del Consiglio, un attacco massiccio per riconquistare la zona della città: tale attacco sarà gestito da 2B e da un incerto 9S, indeciso a seguito delle rivelazioni del comandante. Durante l'assalto però gli androidi alleati sarannovengono infettati e i due saranno costretti a ritirarsi al bunkerBunker. Una volta arrivati, il comandante li accusa di sospetta infezione informatica, sebbene 9S ribadisca che la ritirata non è stata comunicata a seguito di un'interferenza. In quel momento le unità YoRHa nel bunker vengono infettate e i due portano in salvo il comandante nell'hangar che, duranteanch’essa lainfetta, fugali vengonoabbandona peròe abbandonatii dal comandante, anch'esso infetto, edue scappano senza di lei. Il bunker implode su se stessoesplode e i due vengono sbalzati via. 2B subisce gravissimi danni e si separa da 9S, prendendo i comandi del suo aeroscheletro per proteggerlo. Una volta atterrata, però, 2B rileva un'infezione al proprio sistema, quindi capisce che non può continuare a funzionare. Decide di eliminarsi recandosi nel vecchio centro commerciale, dove spera di isolare l'infezione, sacrificandosi. Facendo questo, tuttavia, riesce con le sue ultime forze a incontrare A2, che si offre di farsi trasferire la missione e i dati nonché la spada di 2B, la quale gli affida la protezione di 9S. Per completare il trasferimento dati A2 uccide 2B (che era ormai infettata dal virus) sotto gli occhi di 9S. Dopo la suascomparsa scomparsadi A2 e la perdita di conoscenza di 9S dal cratere delle rovine della città si erge una torre bianca.
Dopo il suo risveglio 9S decide di raggiungere la Torre, mentre A2 è impegnata a fornire supporto a Pascal. Quest'ultimo, dopo che il suo villaggio viene distrutto dagli stessi abitanti impazziti e che tutti i bambini-biomacchina si sono suicidati per la paura in loro assenza, chiede a A2 di cancellargli la memoria, oppure di ucciderlo. Spetta al giocatore la scelta. 9S non può accedere alla Torre se prima non ottiene tre codici di accesso,: uno nella Foresta, uno nella Città Allagata ed uno nel Luna Park.
9S ottiene quindi gli accessi in tre edifici: la "scatola della carne", la "scatola dell'anima" e la "scatola divina", ma durante il processo si rivela essere ormai sadico e mentalmente instabile a causa della morte di 2B per mano di A2. Secondo i Pod assegnati a A2 (in precedenza 2B) e a 9S, i quali condividono i propri dati, ormai 9S è completamente impazzito e decidono quindi di tenere lontani il più possibile i due androidi per evitare gravi conseguenze per entrambi.
Dopo il sacrificio di Devola e Popola (due altre versioni di loro sono fondamentali nella trama del primo NieR), 9S entra nella torre, ma viene tormentato dalla morte di 2B: all'interno della torre infatti si trova il vero ConsilioConsiglio dell'Umanità, il cui obiettivo è creare "una nuova umanità" fatta di perfezione; questo perché dopo gli eventi della saga "Drakengard" e del precedente "NieR" l'umanità era già estinta, dunque si decise quindi di trasferire i sopravvissuti in un sistema informatico, il quale modificòmodificando la rete delle biomacchine e, controuna l'imminentevolta invasioneterminata l’invasione aliena, le biomacchine avrebbero poi creato una nuova società umana assimilando e correggendo gli usi e i costumi della precedente. Per far reggere il piano il consiglio creò gli YoRHa e gli assegnò una falsa missione la quale li avrebbe portati a morte certa ma perlomeno avrebbe protetto le intenzioni del Consiglio. 9S decide quindi di raggiungere il nucleo della torre,. cosìLo comestesso fa A2, la quale è penetrata al suo interno e ha distrutto il Consiglio dell'Umanità scoprendo che la torre è in realtà un cannone diretto contro la base lunare. Dopo aver distrutto assieme un Goliath 9S e A2 si incontrano. A2 rivela quindi la verità più profonda:che la designazione ufficiale di 2B era in realtà 2E (modello 2, tipo eliminatore); essa era stata creata per essere un androide progettato per eliminare colui che con la sua ricerca della verità stava ostacolando maggiormente il consiglio, ovvero 9S, che era troppo evoluto per non arrivare a farsi domande sulla vera essenza del progetto YoRHa. Tuttavia, 2B era arrivata a non sopportare più di dover uccidere ogni volta 9S (viene sottinteso che 2B abbia dovuto eliminare 9S già molte volte prima degli eventi di gioco) e le sue "emozioni" hanno superato le direttive del consiglio, poiché essa desiderava proteggerlo, arrivando anche al suicidio ed a vincolare A2 ad una promessa. 9S risponde che nulla ha più senso, dato che gli YoRHa stessi erano progettati come carne da macello, programmati con una backdoor che avrebbe provocato l'infezione del Server da parte delle biomacchine, e decide di scontrarsi con A2 con un'ultima battaglia all'arma bianca, chiedendo aai POD di rinunciare alla logica finché uno dei due androidi (A2 o 9S) non fosse morto. A seconda del personaggio che si sceglie per questa battaglia cambierà il finale:
==== A2 - Finale C ====
:l'androideA2 sconfigge 9S ed entra nella sua mente, così da purificarlo dal virus. Dopo aver fatto questo affida il corpo di 9S a Pod 042, che se ne va, e annulla il lancio contro la Luna, non sapendo la verità del suo vero scopo, che si potrà scoprire solo con il finale D. La Torre inizia così a crollare travolgendo A2 che cade nel vuoto, mantenendo la promessa di 2B (ovvero salvare 9S) e guardando il bellissimo passaggiopaesaggio terrestre, di cui finalmente riesce a capirne la bellezza. Le biomacchine hanno così perso la guerra.
==== 9S - Finale D ====
:l'androide9S sconfigge A2 e la trafigge con la spada; A2 si arresta un secondo prima di colpirlo a morte, spinta dal ricordo di 2B che le impedisce di agire; purtroppo, però, 9S viene comunque trafitto lo stesso dall'arma di A2 nella caduta, e muore. A2 decede, ma 9S riesce a collegare la sua memoria con la Torre. Attraverso dei dialoghi scritti, si scopre che in realtà il compito della Torre era di mandare le memorie delle Biomacchine verso la Luna, così da tramandare la mentalità umana anche nello spazio in altri pianeti. Il giocatore può scegliere se mandare o no anche le memorie di 9S. Se si sceglierà di farlo si scoprirà che le memorie di Adam ed Eve ci sono ancora, e che quindi possono vivere felici, insieme, come fratelli.
=== Run E, il vero finale ===
Nota: questo finale può essere sbloccato solo con una connessione alla rete internet. Si sbloccherà dopo aver visionato almeno i finali A, B, C e D, e dopo aver superato una sezione di shoot'em up, durante i crediti, nella quale il giocatore spara ai nomi dei creatori del videogioco.
Dopo il finale D (che quindi è quello canonico) i Pod fanno le proprie considerazioni sulla vicenda (entrambi capiscono che si sono affezionati agli androidi e che quindi possono provare emozioni umane) e Pod 153 dice a Pod 042 che loro due devono cancellarsi la memoria perché il progetto YoRHa è terminato (visto che tutti gli androidi che ne facevano parte sono deceduti e che il compito del Consiglio è riuscito), ma Pod 042 si rifiuta, facendo partire il ripristino dei dati degli androidi protagonisti, che andrà a successo solo quando si passerà la fase shot'em up con i titoli di coda. Successivamente, attraverso un video si scopre che ha provato a suicidarsi per la tristezza della perdita di 2B e A2, fallendo. Si scopre anche che tutti i Pod rimasti stanno cercando di ricostruire 2B, 9S e A2 e che quest'ultimi si son in realtà salvati, anche se nell'ambientazione circostante non si vedono biomacchine, segno che la guerra è conclusa, senza un vero vincitore. Le ultime scene mostrano i corpi di 2B, 9S e A2 abbandonati sulla cima di un palazzo, con tutti podi Pod superstiti, raccogliendo dei pezzi,che si apprestano infine a ripararli per riportarli in vita. Dopodiché i Pod chiederanno al giocatore di trasferire le proprie memorie nella rete per aiutare gli altri giocatori a completare i crediti, così da terminare per sempre il progetto YoRHa. Si noti attentamente che, seSe si accetterà, il gioco cancellerà tutti i dati di salvataggio e immetterà nella rete un corpo da androide, contenente un messaggio di incoraggiamento ed alcuni oggetti del giocatore, il quale potrà poi essere assorbito da un altro giocatore se esso sta giocando con una connessione a internet. Non sarà più possibile fare nulla se non proseguire con una nuova partita da zero.
=== Run Y, Finale segreto ===
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