Per contenere i danni della malattie fungine, oltre a mettere in atto tutti gli accorgimenti utili a limitare la virulenza (oculata scelta della varietà in funzione dell'ambiente e della tecnica colturale, concimazioni azotate equiparate) si può ricorrere all'applicazione di fungicidi fogliari. A parte l'odiooidio, che presenta una progressione piuttosto lenta, per le malattie del frumento è preferibile impostare un criterio di lotta di tipo preventivo. Nei nostri ambienti l'epoca più importante è la fase spigatura-fioritura, collocabile ai primi di maggio. In questa fase vi è la possibilità di proteggersi efficacemente dalla fusariosi, dalla ruggine bruna, e mantenere le foglie apicali protette da oidio e septoria. Su varietà sensibili, con una forte intensificazione colturale in ambiente a rischio, può risultare conveniente impostare una strategia articolata su due interventi: durante la fase di accestimento-levata finalizzato al controllo delle malattie di precoce comparsa (oidio, septoria) e il secondo da effettuare in fase di spigatura – fioritura finalizzato al controllo della fusariosi e della ruggine bruna. In alternativa si può ricorrere alla concia del seme che assicura una buona protezione dalle malattie fino alla levata inoltrata e completare con un trattamento in spigatura.