Dopo Outer Heaven, Solid Snake decide di lasciare la FOXHOUND. Allora viene assunto dalla [[Central Intelligence Agency|CIA]] e lavora per sei mesi come agente sotto copertura prima di essere insoddisfatto del lavoro e l'abbandona. Diventa un mercenario. Quando ha già guadagnato abbastanza soldi, va in semi-ritiro in una landa [[Canada|canadese]]. Dopo qualche tempo, il comandante di FOXHOUND, [[Roy Campbell (Metal Gear)|Roy Campbell]], lo chiama per un'altra operazione in [[Asia centrale]] nel [[1999]]. La missione di Snake consiste nel destituire il [[dittatore]] di Zanzibar Land, che si rivela essere nuovamente Big Boss, che possiede un altro Metal Gear, denominato Metal Gear D ed ha tra i suoi ranghi [[Gray Fox]]. Snake distrugge il Metal Gear D e sconfigge Gray Fox in un combattimento corpo a corpo in un campo minato. Durante lo scontro con Big Boss, Snake scopre che quest'ultimo è il suo padre genetico. Infine sarà proprio Solid Snake ad ucciderlo.
