Gli viene quindi assegnato il compito di infiltrarsi nel JBA e di distruggerlo. Il primo passo è far finta di essere un detenuto nel penitenziario di Ellsworth, dove conosce un membro importante del JBA: Jamie Washington. Fisher si mette in contatto con lui rubando due walkie-talkie. All'ora d'aria, viene posta al giocatore la prima scelta, che servirà a guadagnarsi un po' di fiducia, rispettivamente del JBA o dell'NSA: eliminare Barnab, un testimone giudiziario, o soltanto metterlo K.O.
Dopo essere stati sedati, Sam e Jamie si trovano rinchiusi in una cella, mentre fuori è scoppiata una rivolta. Approfittando del caos, i due evadonoriescono ead evadere; successivamente, si recano a New Orleans, al quartier generale del JBA. Naturalmente, se il giocatore avrà uccisoscelto di uccidere Barnab, Jamie sarà più entusiasta di portarloportare a New OrleansSam al quartier generaleQG. Al JBA, Sam conosce il capo Emile Dufrasne, Enrica Villablanca (di cui Sam si innamorerà e viceversa), Moss (con cui Sam non va assolutamente d'accordo), BjBJ SkyesSykes e infine Cole Yeagher, di cui Emile sospetta il tradimento. Dopo le presentazioni, Fisher si infiltrerà nella parte riservata del QG, dove prenderà alcune informazioni eche potràconfermano decidereil se dare le informazioni delreale tradimento di YaegherYeagher; aqui Emileil ogiocatore adovrà Lambert. Come sempredecidere se si deciderà di darle a Emile ado esempioa siLambert. otterràAnche unqui, po' dila fiducia daandrà parterispettivamente delall'NSA o al JBA. Terminata l'esplorazione, Emile manderà Fisher ed Enrica in una stazione per rubare dei vagoni portavalori. Dopo aver superato una parte della vecchia stazione, FisherSam giunge in quella nuova, dove il giocatore potrà decidere se uccidere il capo stazione (fiducia al JBA) o se tenerlo in vita (fiducia all'NSA). Salito sul treno, Sam siproseguirà sia sposteràdentro che sul tetto dei vagoni tranne quando deve interagire con uno di essi. A un certo punto, il giocatore sarà messo dinnanzi a un'altra scelta, ovvero toglieresganciare i vagoni per salvare i civili (NSA) o lasciarlo attaccato (JBA). Giunto dal macchinista, Sam dirotterà il treno con l'aiuto di Jamie; edopo lo schianto, infine, Moss ucciderà il macchinista.
Intanto Lambert, per riuscire a dare a Sam il solito equipaggiamento a Sam, si finge un trafficante d'armi per il JBA. Dopo aver ottenuto un campione del mercurio rosso, Fisher ed Enrica fingono di essere passeggeri a bordo di una nave da crociera (la messicana Cozumel); inil Messicogiocatore condovrà ilfare compitola scelta di distruggerrladistruggerla (JBA) o di evitare la detonazione dell'ordignioordigno (NSA). Sarà il giocatore a decidere se detonare la bomba o iniettare il virus nel cellulare di Enrica nonché il detonatore. Successivamente Fisher viene mandato in Russia con diversi compiti da parte del JBA. Il primo è eliminarre tutti i soldati mercenari che presiedono il campo e interrompere le comunicazioni per evitare che facciano rapporto. Il secondo invece è rubare una petroliera e disinnescare le bombe che potrebbero liberarla dai ghiacci. Salito sulla petroliera Sam scopre che il carico è droga e il capitano che lo ha visto lo sfida a una gara per disinnescare quattro bombe tutte nella sala macchine. Inizialmente Fisher ha 10 minuti ma il capitano le riprogramma e Sam avrà solo 4 minuti. Terminata la missione Fisher si ritroverà in Congo a Kinshasa in uno scenario di guerriglia urbana. La missione inizia con Emile che parla in un albergo con Massoud e Takfir ma improvvisamente Massoud scopre che c'è un traditore e annulla la riunione. Emile allora chiede a Sam di controllare le intenzioni degli alleati. Fisher in questa missione per lo meno nella prima parte non ha equipaggiamento e si trova in un albergo dove le luci per colpa delle bombe in strada salta continuamente.
Confermate le intenzioni Emile dice a Sam di eliminare la spia di Massoud con una bomba nella macchina. Nonché Hismham Hamza. Il giocatore potrà decidere se eliminarlo (JBA) o se salvarlo (NSA). Successivamente Sam dovrà liberare l'area per l'estrazione e fuggire. Successivamente Sam si troverà nuovamente nel QG del JBA dove Williams ci informerà che Lambert è stato catturato e che toccherà a Sam rivelare o no la verità. Per prima cosa il giocatore sarà posto davanti alla scelta di rivelare l'identità di Lambert (JBA) o confermarne la copertura (NSA) e infine dovrà prendere un campione del mercurio rosso e rubare una lista dei compratori di Emile. A questo punto partirà un timer di 10:00 minuti dove il giocatore potrà decidere se disinnescare o no le bombe per Los Angeles destinate al porto e Nashville dove il presidente terrà un comizio. Terminata la missione Sam si troverà a New York con gli altri del JBA e dopo essersi paracadutato Emile scopre che Skyes e Moss avevano ragione: Fisher è un traditore.
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