La [[Astronave|nave]] ''Aurora'' della potentissima Alterra Corporation viene inviata ai confini dello spazio federale con una doppia missione: la costruzione di un Phasegate (un [[Portale (immaginario)|portale iperspaziale]] che congiungerà ogni angolo della [[Via Lattea]]) e il ritrovamento della ''Degasi'' (un'astronave su cui viaggiavano importanti autorità terrestri legate al suddetto progetto Phasegate). Avvicinandosi al pianeta oceanico 4546B, l'''Aurora'' è colpita da un impulso d'energia sconosciuto ed è costretta ad ammarare. I tentativi di mandare un [[SOS]] sfociano finalmente nell'arrivo di una nave commerciale di passaggio: la ''Sunbeam''. Tentando di recuperare il protagonista, la nave scende verso la superficie ma viene abbattuta da un cannone energetico di una postazione di difesa.
Tentando di disattivare la postazione si scopre la presenza di un batterio altamente infettivo e letale chiamato Kharaa, che nel frattempo ha infettato anche il protagonista. Proseguendo l'avventura il protagonista viene contattato telepaticamente da una misteriosa creatura che lo guida verso di lei, e si scopre a mano a mano la storia del pianeta: in origine era abitato dai Precursori, una razza aliena tecnologicamente avanzata; sul pianeta questi avevano costruito alcune strutture per studiare il batterio e trovarne la cura, ma un incidente avvenuto mille anni prima ha causato la fuoriuscita del Kharaa dai laboratori e la conseguente diffusione. Subito venne attuata la procedura di quarantena, e chiunque tenti di avvicinarsi o allontanarsi dal pianeta viene abbattuto dalla piattaforma, che può essere disattivata solo da individui sani. Viene rivelato anche che la cura è un enzima particolare, l'"enzima 42", che è prodotto dai cuccioli di Imperatore del Mare, una creatura prossima all'estinzione: l'unico esemplare vivente e le sue uova sono rinchiusi in una delle basi dei Precursori. Questi ultimi non avevano rispettato le condizioni di schiusa necessarie, non riuscendo così ad ottenere l'enzima. Si scopre poi che l'equipaggio della ''Degasi'' è ormai defunto, ucciso dai predatori o dalla malattia.
Trovata la base e l'Imperatore, viene rivelato che questo ha sempre saputo cosa stessero cercando i Precursori, ma non essendo in grado di comunicare con loro non è riuscito a spiegare il giusto procedimento di schiusa, come invece ha fatto con il protagonista. Dopo aver fatto schiudere le uova, i piccoli rilasciano l'enzima e il protagonista può finalmente curarsi mentre l'Imperatore, liberati i cuccioli dalla base, muore. Ormai guarito il protagonista disattiva il cannone e, grazie a dei progetti di un razzo ottenuti durante l'avventura, il ''Neptune'', abbandona finalmente il pianeta.
