Una volta abbandonato il calcio giocato, Mutarelli si prodiga come allenatore, iniziando nelle giovanili dell'[[Empoli Football Club|Empoli]] guidando prima la squadra degli Allievi B e successivamente la Primavera. DalIl 4 agosto 2017 è il vice di [[Luigi Di Biagio]] nell’[[Nazionale Under-21 di calcio dell'Italia|Under-21]].<ref>{{cita web|url=https://www.figc.it/it/federazione/news/annunciati-i-nuovi-tecnici-delle-nazionali-all-u21-confermato-di-biagio-bertolini-alla-femminile/|titolo=Annunciati i nuovi tecnici delle Nazionali: all’U.21 confermato Di Biagio, Bertolini alla Femminile|editore=figc.com|data=4 agosto 2017}}</ref> Continua ad esserne il vice anche alla {{Calcio SPAL|N}}.<ref>{{Cita web|url=https://www.spalferrara.it/lo-staff-tecnico-di-mister-luigi-di-biagio/|titolo=LO STAFF TECNICO DI MISTER LUIGI DI BIAGIO|data=2020-02-11|accesso=2020-07-15|dataarchivio=15 luglio 2020|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20200715092708/https://www.spalferrara.it/lo-staff-tecnico-di-mister-luigi-di-biagio/|urlmorto=sì}}</ref>
