Il principato dei veneziani ([[Ducato di Nasso]]) comprese le isole di Santorino e Thira e le mantenne fino alla metà del XVI secolo. Tale principato riconosceva alle famiglie la gestione dell'isola, essendo d'importanza strategica nella Repubblica Veneta.
Ciò non fermò le incursioni ottomane: l'isola infatti fu conquistata dall'ammiraglio [[Ottomani|ottomano]] [[Piyale Paşa]] nel [[1576]], ed il ducato fu affidato dal sultano a [[Giuseppe Nasi]]. Ripresero a loro volta le incursioni veneziane, l'isola fu interessata nelle varie [[Guerre turco-veneziane|guerre ottomane-veneziane]] fino alla metà del XVIII secolo.
Dal [[1768]] al [[1774]] fu contesa all'interno della guerra tra Russi e Ottomani.<ref>{{Cita libro|nome=Lucien J.|cognome=Frary|titolo=Russia and the Making of Modern Greek Identity, 1821-1844|url=https://books.google.it/books?id=YwbHCQAAQBAJ&pg=PA21&dq=&hl=it&sa=X&ved=2ahUKEwj0nYrtgf_2AhUV8rsIHcvbAOcQ6AF6BAgHEAM#v=onepage&q&f=false|accesso=2022-04-06|data=2015-06-11|editore=OUP Oxford|lingua=en|ISBN=978-0-19-105351-1}}</ref> Il 25 Marzomarzo [[1821]] ebbero inizio i moti di [[Guerra d'indipendenza greca|indipendenza greca]].<ref>{{Cita libro|nome=Paul|cognome=Hellander|titolo=Grecia continentale|url=https://books.google.it/books?id=KZ0M_G37g8MC&pg=PA163&dq=Guerra+d'&hl=it&sa=X&ved=2ahUKEwjQ3p-Ug__2AhVCzKQKHfGtC-cQ6AF6BAgMEAM#v=onepage&q&f=false|accesso=2022-04-06|data=2008|editore=EDT srl|lingua=it|ISBN=978-88-6040-279-0}}</ref>
Nel [[1967]] nella località di [[Akrotiri (Santorini)|Akrotiri]], gli archeologi riportarono alla luce un'antica città, quasi completamente intatta e coperta come [[Pompei (città antica)|Pompei]] da antiche ceneri. Il ritrovamento fu catalogato come tra i più importanti nella storia dell'archeologia. Diverse case portate alla luce presentavano un sofisticato [[Idraulica|sistema idraulico]], con bagni e acque correnti che defluivano in un perfetto sistema fognario<ref name="Doumas">{{Cita libro|autore = Christos G. Doumas|titolo = “Thera: Pompeii of the Ancient Aegean” |anno = 1983|editore = Thames & Hudson |città = Londra}}</ref>. Questo sito testimonia una delle prime forme di ingegneria urbana mai scoperte nella storia.
