Una delle principali funzioni del perossisoma è la riduzionel'ossidazione degli [[acidi grassi a catena molto lunga]] attraverso la [[beta ossidazione]]. Nelle [[cellule animali]], gli acidi grassi a catena lunga vengono convertiti in [[acidi grassi a catena media]], che vengono successivamente trasferiti nei [[Mitocondrio|mitocondri]], dove infine vengono scomposti in [[anidride carbonica]] e [[acqua]]. Nei lieviti e nelle [[Cellula vegetale|cellule vegetali]], questo processo avviene esclusivamente nei perossisomi.<ref name=":2">{{Cita libro|cognome=Alberts, Bruce,|cognome2=Lewis, Julian,|cognome3=Raff, Martin,|titolo=Molecular biology of the cell|url=https://www.worldcat.org/oclc/48122761|accesso=11 novembre 2019|edizione=4th ed|data=2002|editore=Garland Science|oclc=48122761|ISBN=0-8153-3218-1}}</ref><ref name=":3">{{Cita pubblicazione|nome=Michael|cognome=Schrader|data=16 aprile 2019|titolo=Organelle interplay-peroxisome interactions in health and disease|rivista=Journal of Inherited Metabolic Disease|lingua=en|accesso=11 novembre 2019|doi=10.1002/jimd.12083|url=http://doi.wiley.com/10.1002/jimd.12083|nome2=Maki|cognome2=Kamoshita|nome3=Markus|cognome3=Islinger}}</ref>
Anche le prime reazioni nella formazione del [[Plasmalogeni|plasmalogeno]] nelle cellule animali si verificano nei perossisomi. Il plasmalogeno è il [[fosfolipide]] più abbondante nella [[mielina]]. La carenza di plasmalogeni provoca gravi anomalie nella [[mielinizzazione]] delle [[cellule nervose]], motivo per cui molti disturbi dei perossisomi colpiscono il [[sistema nervoso]].<ref name=":2" /> I perossisomi sono inoltre coinvolti nella produzione di [[acidi biliari]],<ref name=":0" /> importanti per l'assorbimento di grassi e [[vitamine]] liposolubili, come le vitamine [[Vitamina A|A]] e [[Vitamina K|K]]. Alterazioni cutanee sono caratteristiche dei disturbi genetici che influenzano la funzione del perossisoma.<ref name=":3" />
