''Subnautica'' è ambientato nel [[XXII secolo]], quando l'umanità inizia a colonizzare altri pianeti della galassia, su di un [[pianeta oceanico]] chiamato 4546B. L'area di gioco è suddivisa in biomi, ciascuno con la propria flora, fauna e materie prime<ref>Le informazioni relative all'ambientazione sono recuperate direttamente dal gioco</ref>. È delimitata da un'enorme fossa oceanica abitata solo da ''Leviatani'' che si estende fino ai 3000 metri di profondità. La mappa è disseminata di frammenti dell'''Aurora'' e della ''Degasi'': nei vari relitti presenti nella mappa si possono trovare e scansionare parti di strumenti, unità abitative o veicoli per ottenere i loro progetti. L'analisi si può anche estendere alla flora e la fauna del luogo per ottenere informazioni sui loro utilizzi e comportamenti. Una giornata dura circa 30 minuti, con il ciclo notte/giorno di 15 minuti ciascuno. Il satellite principale del pianeta può comunque causare brevi eclissi parziali o complete.
Sotto la superficie sono presenti vari sistemi ramificati di grotte, accessibili attraverso passaggi posti nei vari biomi:
