Prima del giugno 2015, Haley ha appoggiato l'esposizione della [[Bandierabandiera degli Stati Confederati d'America]] sul terreno del Campidoglio.<ref>{{Cita news|lingua=en|autore=Luke Brinker|url=http://www.salon.com/2014/10/15/nikki_haley_its_ok_to_have_the_confederate_flag_at_the_statehouse_because_not_a_single_ceo_has_complained/|titolo=Nikki Haley: It’s OK to have the Confederate flag at the statehouse because not “a single CEO...|pubblicazione=Salon|data=15 ottobre 2014|accesso=28 agosto 2018}}</ref> Subito dopo il [[massacro di Charleston]], Haley non ha preso posizione sulla rimozione della bandiera, dicendo: "Penso che lo stato comincerà a parlarne di nuovo, e vedremo a che punto andrà".<ref>{{Cita news|lingua=en|autore=Yamiche Alcindor|autore2=Doug Stanglin|url=https://eu.usatoday.com/story/news/nation/2015/06/19/dylann-roof-charleston-police-charged-with-murder-black-church/28975573/|titolo=Affidavits spell out chilling case against Dylann Roof|pubblicazione=USA TODAY|data=20 giugno 2015|accesso=28 agosto 2018}}</ref><ref>{{Cita news|lingua=en|nome=Paige|cognome=Lavender|url=https://www.huffingtonpost.com/2015/06/19/confederate-flag-south-carolina_n_7620490.html|titolo=Nikki Haley, Mark Sanford Weigh In On Confederate Flag Debate|pubblicazione=Huffington Post|data=19 giugno 2015|accesso=28 agosto 2018}}</ref> Il 22 giugno Haley ha chiesto la rimozione della bandiera confederata dal terreno del Campidoglio.<ref>{{Cita news|lingua=en|autore=Frances Robles|autore2=Richard Fausset|autore3=Michael Barbaro|url=https://www.nytimes.com/2015/06/23/us/south-carolina-confederate-flag-dylann-roof.html|titolo=Nikki Haley, South Carolina Governor, Calls for Removal of Confederate Battle Flag|pubblicazione=The New York Times|data=22 giugno 2015|accesso=28 agosto 2018}}</ref> Ha dichiarato: "Questi sono i fondamenti che fanno della capitale statale un luogo di cui tutti dovrebbero sentirsi parte. Quello che ho capito oggi più che mai è che le persone si sentivano male e soffrivano. Nessuno dovrebbe soffrire". Haley ha anche detto: "C'è un posto per quella bandiera", ma ha aggiunto, "Non è in un posto che rappresenta tutti i popoli della Carolina del Sud".<ref>{{Cita news|autore=Eugene Scott|url=https://www.cnn.com/2015/07/10/politics/nikki-haley-confederate-flag-removal/|titolo=Nikki Haley: Confederate flag 'it should have never been there'|pubblicazione=CNN|data=10 luglio 2015|accesso=28 agosto 2018}}</ref> Nel luglio 2015 Haley ha firmato un disegno di legge per autorizzare la rimozione della bandiera confederale dal pennone del Campidoglio della Carolina del Sud.<ref>{{Cita web|url=http://www.c-span.org/video/?327026-1/south-carolina-confederate-flag-removal-bill-signing-ceremony|titolo=South Carolina Confederate Flag Removal Bill Signing Ceremony|sito=C-SPAN|data=9 luglio 2015|lingua=en|accesso=28 agosto 2018}}</ref><ref>{{Cita news|lingua=en|autore=Bill Chappell|url=https://www.npr.org/sections/thetwo-way/2015/07/09/421531368/south-carolina-gov-nikki-haley-to-sign-confederate-flag-bill-into-law|titolo=South Carolina Gov. Nikki Haley Signs Confederate Flag Bill Into Law|pubblicazione=NPR|data=9 luglio 2015|accesso=28 agosto 2018}}</ref>
