L'eleganza dell'interno è ottenuta grazie agli effetti cromatici dei materiali utilizzati per le membrature architettoniche, ed in particolare la pietra d'[[Angera]], proveniente dal [[Lago Maggiore]], le cui tonalità rosee sono state recuperate dal recente restauro.
Le pareti risultano fortemente ritmate ed articolate su due ordini di archi minori, corrispondenti ad un matroneo in quello superiore, e in quello inferiore ad otto confessionali intagliati (Giovanni, Giacomo e Gianpaolo Taurini, 1596-1603), con scene dal Vecchiodall'Antico e dal Nuovo Testamento. Sono presenti quattro cappelle laterali, contenute nello spessore delle mura, le cui decorazioni testimoniano momenti vicini nel tempo ma già diversi. Di particolare interesse la seconda cappella sulla parete destra, intitolata alla Ascensione di Cristo, e realizzata su progetto del Tibaldi, che presenta un raro caso di colonne dislocate, in cui l'architrave è retto dalle vicine mezze figure di angelo: forse un'intenzionale metafora dell'abbandono in cui versava la diocesi milanese quale la trovò il Borromeo. La pala originaria con l{{'}}''Incoronazione di Maria'' di [[Ambrogio Figino]] (1581-1587) fu poi sostituita dalla ''Trasfigurazione e Santi'' firmata da [[Bernardino Campi]] in collaborazione con [[Carlo Urbino]] (1565), proveniente da Santa Maria della Scala; entrambe si trovano oggi nell'antisagrestia, per far posto al ''Sacro Cuore'' in ceramica di [[Lucio Fontana]] (1956), mentre sono rimasti in loco i quattro pannelli sulle pareti laterali. Il Figino aveva anche dipinto per San Fedele la ''Madonna del Serpe'', oggi nella chiesa di [[Basilica di San Nazaro in Brolo|San Nazaro in Brolo]], di cui si ricorderà [[Caravaggio]] a Roma.
[[Immagine:6379 - Milano - S. Fedele - Cerano - Visione di S. Ignazio (ca. 1622) - Foto Giovanni Dall'Orto - 14-Feb-2008.jpg|miniatura|sinistra|La cappella di Sant'Ignazio.]]
