Allo scoppio della [[seconda guerra mondiale]] la famiglia di Prat si trovava nell'[[Africa Orientale Italiana]], dove il padre era stato arruolato nella [[Polizia dell'Africa Italianaitaliana]]. Nel 1941 alla caduta dell'Africa Orientale Italiana la famiglia Prat fu internata in un campo di concentramento a [[Dire Daua]] dove il padre morì nel 1942.<ref name="autogenerato1">{{Cita web|url=http://www.ubcfumetti.com/enciclopedia/?14840|titolo=Hugo Pratt - uBC Fumetti|accesso=2021-11-26}}</ref> Un anno dopo Pratt poté rientrare in Italia grazie all'intervento a favore dei prigionieri della [[Croce Rossa]] e a [[Città di Castello]] frequentò fino a settembre un collegio militare. Nel 1943, dopo l'[[armistizio di Cassibile]] aderì alla [[Repubblica Sociale Italiana]] e fu per breve tempo ''marò'' della [[Xª Flottiglia MAS (Repubblica Sociale Italiana)|Xª Flottiglia MAS]] militando nel Battaglione Lupo finché la nonna lo costrinse a ritornare a casa.<ref name=autogenerato1 /><ref>{{cita web|url=http://archiviostorico.corriere.it/1997/luglio/05/per_Secolo_Italia_Hugo_Pratt_co_0_9707052354.shtml|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20110922170523/http://archiviostorico.corriere.it/1997/luglio/05/per_Secolo_Italia_Hugo_Pratt_co_0_9707052354.shtml|titolo=E per il Secolo d'Italia Hugo Pratt "era un marò", dall'archivio storico del Corriere della Sera|accesso=7 gennaio 2011|urlmorto=sì|dataarchivio=22 settembre 2011
}}</ref> Nell'[[autunno]] del 1944 rischiò invece di essere fucilato dalle [[Schutzstaffel|SS]], che temevano fosse una spia [[sudafrica]]na. Nel [[1945]] raggiunse gli [[Alleati della seconda guerra mondiale|angloamericani]] e fu impiegato da questi come interprete per le armate Alleate, organizzandovi a [[Venezia]] degli spettacoli.<ref>{{cita web|url=http://www.cartonionline.com/Eventi/mostra_hugo_pratt/La_biografia_di_Hugo_Pratt.htm|titolo=La biografia di Hugo Pratt, dal sito cartonionline.com|accesso=18 gennaio 2010}}</ref>
