Con l'affermarsi della riforma, nel diritto latino tutte le diocesi cattoliche scozzesi furono nel diritto latino di fatto soppresse e sostituite dal [[vicariato apostolico]] d'Inghilterra (oggi [[arcidiocesi di Westminster]]). Alcuni missionari furono inviati in Scozia, tra cui il [[Compagnia di Gesù|gesuita]] [[John Ogilvie]], che subì il [[Martirio (cristianesimo)|martirio]] a Glasgow nel [[1615]]. Alle diocesi cattoliche si sostituirono diocesi della [[Chiesa di Scozia]], che non ebbero peraltro miglior fortuna, poiché, dopo un'iniziale continuità nell’episcopato,<ref>A Glasgow all’arcivescovo Beaton succedette John Spottiswoode nel [[1603]], James Law nel [[1615]] e Patrick Lindsay nel [[1632]].</ref> le due rivoluzioni [[calvinismo|calviniste]] del Seicento ne comportarono la definitiva estinzione.<ref>L’ultimo arcivescovo di Glasgow nella Chiesa di Scozia, John Paterson, fu destituito nel [[1689]], ma continuò clandestinamente ad essere vescovo della Chiesa episcopale scozzese fino alla propria morte nel 1708. Solo occasionalmente altri vescovi "clandestini" ottennero la sede di Glasgow, finché la Chiesa episcopale scozzese non fu ufficialmente riconosciuta fondando la [[diocesi di Glasgow e Galloway]] nel [[1837]].</ref> Tutte le chiese della nazione divennero indistintamente proprietà della Chiesa di Scozia.
Nel [[1653]] [[papa Innocenzo X]] eresse per la Scozia una [[prefettura apostolica]], diventata vicariato apostolico nel [[1694]]. Nel [[1683]] fallì un tentativo di aprire una cappella cattolica a Glasgow, città dove fino alla seconda metà del [[XVIII secolo]] non sono documentati cattolici, fino all'arrivo di immigrati irlandesi. Da questo momento alcuni preti, noti come ''visiting priests'', poterono officiare a Glasgow. Nel [[1797]] John Farquharson aprì una cappella in città, aiutato da alcuni preti francesi fuggiti dalla loro patria. Nel [[1816]] fu aperta la [[Cattedrale di Sant'Andrea (Glasgow)|chiesa di Sant'Andrea]], odierna cattedrale.
