La narrazione si apre nell'anno 2204: nel [[mare di Ochotsk]], un futuristico sottomarino si avvicina al corpo sommerso di un gigantesco dragone a tre teste, di cui una però risulta però mancante.
Improvvisamente, si torna all'anno 1992, in cui un velivolo simile ada un disco volante sorvola la città di [[Tokyo]]. Il fenomeno viene osservato da migliaia di persone, tra cui la medium Miki Saegusa, già apparsa nel precedente film precedente. Il giorno dopo, lo scrittore Kenichiro Terasawa e l'editore Chiaki Morimura intervistano un soldato reduce della [[Campagna delle isole Gilbert e Marshall]], cheil quale afferma di aver visto un dinosauro ancora vivo sull'isola di Ragos, nel Pacifico.
IntantoNel frattempo, il governo indaga sull'apparizione dell'UFO con l'aiuto di Miki, che identifica il luogo di atterraggio poco lontano dalla periferia di Tokyo. Kenichiro riesce ada ottenere dal paleontologo Shindo, anche luianch'esso reduce della secondaSeconda guerra mondiale, le fotografie del dinosauro: data la sua somiglianza con [[Godzilla]] (eccetto naturalmente le dimensioni), Terasawa ipotizza che si tratti dello stesso Godzilla, prima che venisse mutato dalle radiazioni nucleari della bomba H.
L'esercito si mobilita per circondare quello che sembra essere un [[UFO|Ufo]] (in realtà una macchina del tempo), da cui scendono tre persone: la giovane Emi Kano, giapponese, Wilson e Grenchiko, americani. Questi rivelano al governo giapponese che nel XXI secolo Godzilla distruggerà la nazione, e propongono di tornare indietro nel tempo per impedire che il dinosauro venga mutato dalle radiazioni.
