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Insieme a Masako e Ando, Takuya si reca sull'isola e, dopo una serie di avventure, i tre scoprono che l'elemento estraneo presente sull'isola è un enorme uovo. In seguito, apprendono da due piccole fate che si tratta dell'uovo di [[Mothra]], una divinità dell'antica civiltà Cosmos.
Millenni prima, infatti, i Cosmos avevano creato una macchina in grado di mutare il clima planetario. Di fronte a questo pericolo, la [[Terra]] avevaliberò liberato [[Battra]], il fratello malvagio di [[Mothra]]. Mothra era riuscitariuscì a sconfiggerlo, ma a costo della vita di tutti i Cosmos, eccetto le due fatine presenti sull'isola. AdessoOra, a causa deldi un meteorite, la Terra ha di nuovonuovamente liberato il mostro Battra.
Ando propone di portare l'uovo in Giappone per preservarlo prima dell'arrivo di Battra, ma intanto quest'ultimo si era già risvegliato in forma larvale e stava devastando la costa giapponese. Mentre gli umani portanotrasportano l'uovo in Giappone insieme alle Cosmos, appare [[Godzilla]], che attacca la nave. L'uovo si schiude e Mothra, sotto forma di larva, affronta il re dei mostri.
Durante lo scontro, Battra appare Battra, chee attacca Godzilla. In un combattimento sottomarino, peròtuttavia, la Terra risucchia ientrambi duei mostri nelle sue viscere di magma. Inaspettatamente, Ando rapisce le Cosmos con l'intenzione di offrirle al suo capo come testimonial della ''Marutomo Enterprise''. Masako e Takuya tornano a Tokyo per cerarecercare le fate rapite, ma l'archeologo, dopo averle trovate da solo, si nasconde in un albergo all'insaputa della ex moglie Masako e ladella figlia Midori. Masako e Midori ritrovanoriescono però a ritrovare Takuya grazie all'aiuto della sensitiva Miki Saegusa, che riesce a percepirepercepisce la canzone con la qualecui le Cosmos invocano Mothra. L'archeologo viene convinto a lasciare le fatine e a tornare a vivere con la moglie e la figlia. Intanto, però, Mothra, alla ricerca delle Cosmos, sta devastando la città. Implorate da Midori, le Cosmos interrompono la furia della divinità, che viene gravemente ferita dall'esercito. Ritiratasi sul palazzo della Dieta, la larva si trasforma in un grande bozzolo. Simultaneamente, un vulcano sottomarino e il [[Fuji (monte)|Fuji]] eruttano, liberando Battra in versione Imago e Godzilla.
Dal bozzolo emerge Mothra in forma di falena, che si batte a [[Yokohama]] con i due nemici. Mothra si allea con il fratello e le due farfalle attaccano Godzilla buttandolo in mare. Nell'operazione però Battra muore, colpito dal raggio atomico di Godzilla. Le Cosmos si trasformano poi in spiriti ed entrano in Mothra, che vola nello spazio per fermare un grande asteroide.
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