Dirigente dell{{'}}''Atletico 2000 a Roma'',<ref>{{Cita web|url=https://www.ercolefragasso.it/2004/01/20/giuseppe-giannini-2/|titolo=Giuseppe Giannini|accesso=19 novembre 2024}}</ref> dal 2011 ha collaborato con lo staff tecnico e dirigenziale della P.G.S. Don Bosco [[Genzano di Roma]].<ref>Elena Rossin. [http://www.tuttomercatoweb.com/?action=read&id=377595 Pruzzo: "Roma, un terzino destro per completare"], da Tuttomercatoweb.it, 19 agosto 2012</ref> Il 31 ottobre 2012 viene nominato direttore sportivo del [[Savona Calcio|Savona]].<ref>[http://www.savonafbc.it/index.php?option=com_content&view=article&id=189:roberto-pruzzo-diesse-del-savona&catid=10:comunicatistampa&Itemid=233 Roberto Pruzzo diesse del Savona] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20141006074946/http://www.savonafbc.it/index.php?option=com_content&view=article&id=189:roberto-pruzzo-diesse-del-savona&catid=10:comunicatistampa&Itemid=233 |data=6 ottobre 2014 }}, da Savonafbc.it</ref><ref>{{cita web|url=http://www.tuttomercatoweb.com/serie-c/ufficiale-savona-pruzzo-a-il-nuovo-direttore-sportivo-395865|titolo=Ufficiale: Savona, Pruzzo è il nuovo direttore sportivo|editore=tuttomercatoweb.com|data=31 ottobre 2012}}</ref> Con la squadra ligure conquista la promozione in [[Lega Pro Prima Divisione|Lega Pro]] nella stagione [[Lega Pro Seconda Divisione 2012-13|2012-2013]] e l'anno successivo manca per poco il passaggio in [[Serie B]]. Il 26 settembre 2014 viene esonerato.<ref>{{cita web|url=http://www.ivg.it/2014/09/savona-calcio-anche-pruzzo-lascia-la-societa-di-dellepiane/|titolo=Savona Calcio, anche Pruzzo lascia la società di Dellepiane|editore=ivg.it|data=26 settembre 2014}}</ref>
Il 21 luglio 2017 diventa direttore sportivo del [[Football Club Como|Como]] – rifondato dopo la mancata iscrizione della precedente gestione al campionato di [[Serie C]] e iscritto alla [[Serie D 2017-2018]] –, voluto dalla cordata di imprenditori formata da Massimo Nicastro e Roberto Felleca.<ref>{{Cita news|url=http://www.laprovinciadicomo.it/stories/Sport/calcio-como-assegnato-al-gruppo-nicastro-renzi-ardito-allenatore-pruzzo-ds_1243889_11/|titolo=Calcio Como assegnato al gruppo Nicastro-Renzi Ardito allenatore, Pruzzo ds (video)|accesso=22 luglio 2017}}</ref> Rimane in carica come ''diesse'' dei lariani per due anni, venendo sostituito al termine della stagione [[Serie D 2018-2019|2018-2019]], dopo aver conquistato la promozione in Serie C, da [[Carlalberto Ludi]].
