Il 31 gennaio 20232024, Niang viene acquistato a titolo definitivo dall'{{Calcio Empoli|N}}, in Serie A, con cui firma un contratto valido fino al 30 giugno seguente, con opzione di rinnovo in base al numero di presenze.<ref>{{Cita web|url=https://empolifc.com/mbaye-niang-e-un-nuovo-calciatore-azzurro/|titolo=M’Baye Niang è un nuovo calciatore azzurro|data=31 gennaio 2024|accesso=31 gennaio 2024}}</ref> Esordisce il 9 febbraio, nella vittoria esterna per 1-3 sulla [[Unione Sportiva Salernitana 1919|Salernitana]] in [[Serie A 2023-2024|campionato]]: al suo debutto, risulta subito decisivo con un gol e un assist.<ref>{{Cita web|url=https://www.corriere.it/sport/calcio/serie-a/24_febbraio_09/salernitana-empoli-risultato-cf3857e6-c793-11ee-9ffe-e75d7c0b0cdd.shtml|titolo=Salernitana-Empoli risultato 1-3: gol decisivi di Niang su rigore e Cancellieri|data=9 febbraio 2024|accesso=9 febbraio 2024}}</ref> Va a segno anche nella partita successiva contro la [[ACF Fiorentina|Fiorentina]], pareggiata per 1-1.<ref>{{Cita web|url=https://sport.virgilio.it/dirette/live/serie-a/18-2-2024/empoli-fiorentina/2380635/|titolo=Empoli-Fiorentina 1-1: risultato finale e highlights|accesso=18 febbraio 2024}}</ref> Il 26 maggio, nei minuti di recupero della partita contro la Roma, realizza la rete del definitivo 2-1, che consente all'Empoli di ottenere la salvezza nella massima serie.<ref>{{Cita web|url=https://www.lanazione.it/empoli/sport/empoli-roma-salvezza-1e208743|titolo=Empoli, brividi e gioia: sarà ancora serie A. Roma sconfitta 2-1, in B va il Frosinone|autore=Gianluca Barni|data=26 maggio 2024|accesso=1º luglio 2024}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://www.gazzetta.it/Calcio/Serie-A/Empoli/27-05-2024/empoli-m-baye-niang-tra-auto-distrutte-e-gol-salvezza_preview.shtml|titolo=L'anno assurdo di Niang: dalla Turchia a Empoli, tra auto distrutte e gol-salvezza|autore=Lorenzo Topello|data=27 maggio 2024|accesso=1º luglio 2024}}</ref> Dopo aver messo a referto sei gol e un assist in 14 partite con la squadra toscana, Niang lascia il club al termine della stessa [[Empoli Football Club 2023-2024|stagione]],<ref name=":0" /><ref>{{Cita web|url=https://www.goal.com/it/liste/svincolati-serie-a-30-giugno-chi-e-senza-squadra-1-luglio-costo-zero/bltb4cd1cf824979d58|titolo=Svincolati Serie A, ai saluti il 30 giugno: chi è senza squadra dal 1º luglio, occasioni a costo zero per il calciomercato 2024|autore=Francesco Schirru|data=30 giugno 2024|accesso=1º luglio 2024}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://www.rainews.it/tgr/liguria/articoli/2025/01/samp-sampdoria-in-attacco-arriva-niang-calciomercato-attaccante-visite-mediche-serie-b--b1be627f-c329-4346-b10e-165d33d842b8.html|titolo=Samp, in attacco arriva Niang|data=2025-01-15|accesso=2025-01-15}}</ref> non avendo raggiunto la soglia minima di presenze necessaria per il rinnovo automatico.<ref name=":0">{{Cita web|url=https://m.milannews.it/gli-ex/niang-saluta-l-empoli-dopo-la-salvezza-grazie-azzurri-non-vi-dimentichero-mai-538055|titolo=Niang saluta l'Empoli dopo la salvezza: "Grazie azzurri, non vi dimenticherò mai"|autore=Claudio Poliaghi|data=7 giugno 2024|accesso=8 giugno 2024}}</ref>
